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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001782

染色体: Chr02 坐标: 32606308-32607757 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001782
名称SmilChr02G001782
描述uncharacterized SmilChr02G001782
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向32606308 - 32607757 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012031
GeneID131012031
locus_tag-
NCBI NameLOC131012031
原始查询SmilChr02G001782

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein C-terminal S-isoprenylcysteine carboxyl O-methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836069]; symbol=AT5G59500; hit=AT5G59500; species=arabidopsis; confidence=high
产物protein C-terminal S-isoprenylcysteine carboxyl O-methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836069]; symbol=AT5G59500; hit=AT5G59500; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G59500 (AT5G59500)
protein C-terminal S-isoprenylcysteine carboxyl O-methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836069]
identity=54.1; qcov=1; evalue=9.8e-142; confidence=high
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF04191 (PEMT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012031

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057795923.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057795923.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795923.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795923.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795923.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:32606499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:32606533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:32606549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B98
Chr2:32606565 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,D11
Chr2:32606567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:32606604 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B1,C30
Chr2:32606658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:32606742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:32606760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr2:32606762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:32606773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr2:32607084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795923.1
399 aa
N
1
200
399
PEMT
C
PF04191 PEMT 317-382 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795923.1 Pfam PF04191 PEMT Family 317 382 3e-07 31.5 Phospholipid methyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939940.1
GTAACTTATTTTTGCTCCCCAACTAAATTAAAATACGCAAACCAGAAACTTGAGAGCGCTTCCTTCCTTCTTTATACTTAAAAACGCCAAAACTGTTTCTCAAGATTCTTCTCATTGCTTAAATGGCGGAGTTAGGGTTTTAGCATTGCCGCTCAAAGTTATTCCAGAAATCTAGTATGGAGTCAGGCGCTTCATTGCTCTGTTACAAGGTCACCCCTTTCAGCTACACTTTCTCGCAGAAAACCCATTTGATTTCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012031
ATGGAGTCAGGCGCTTCATTGCTCTGTTACAAGGTCACCCCTTTCAGCTACACTTTCTCGCAGAAAACCCATTTGATTTCTCTCAGACCTTTCAACAAACAGGTTGCGCGCAAGAATTTCTCTCTCAAAACCTCATCCGCCTGCTCTCCTCCCAATTCCTTCAATCTATCGACCTGCAATTCCACTTTTTCATCACTTCCCACATGGAATTCCAAATTCATCCGCCCTCTCCGCTCGCTCAAGTGCTCGTATTCGACTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795923.1
MESGASLLCYKVTPFSYTFSQKTHLISLRPFNKQVARKNFSLKTSSACSPPNSFNLSTCNSTFSSLPTWNSKFIRPLRSLKCSYSTSPTPADSDWLKPLKDFSFESLKSSIAQLTPLDICKWCLGLSAAIAALKWTVNLLLSPFFWMYFSWTWLFWPWAAAIAMAAYGLYSLGRHLKGEATLVEQLGVVTSAFTWLTLVPPAHFNGFLEGWPFVFFFVYHYFFFLNVSVRKRLYGDYYARDHDAKWDIALPNWQRLLFCG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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