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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001788

染色体: Chr02 坐标: 32653735-32655985 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001788
名称SmilChr02G001788
描述uncharacterized SmilChr02G001788
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向32653735 - 32655985 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012039
GeneID131012039
locus_tag-
NCBI NameLOC131012039
原始查询SmilChr02G001788

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsSPEAR2; symbol=OsSPEAR2; hit=Os01g0212500; species=rice; confidence=weak
产物OsSPEAR2; symbol=OsSPEAR2; hit=Os01g0212500; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs01g0212500 (OsSPEAR2)
-
identity=60; qcov=0.147; evalue=2.45e-08; confidence=weak
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012039

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795929.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795929.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795929.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795929.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057795929.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:32653864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B34,B82,B94
Chr2:32653892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B59,B84,C77
Chr2:32653922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,A4,B104,B45,B96
Chr2:32654050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B68
Chr2:32654519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B34,B82,B94
Chr2:32654951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B94,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939949.1
CACAGACATTTTTCTCCTTTTAGAAATCCCATTTTTACTCTGTCACAGAAATCAAGCTCGTATAAATAAAGTGAATAAAGTTAAATATTTTTGAATAAATTTAAAGAGAGAGAGAGAGAGATCCGGTCAGGATGGGAAAGAGGAGTGGAGCGAGGATTTGGGCGATAAATTAGATTGAGATAGAGGGGCAAAGCATTCAAATAGCATGCGTTAGATTTGCATTAAAAAGTTTTAATTTTGAGAAAGAAGAGAGAAAAAAC...
XM_057939948.1
CACAGACATTTTTCTCCTTTTAGAAATCCCATTTTTACTCTGTCACAGAAATCAAGCTCGTATAAATAAAGTGAATAAAGTTAAATATTTTTGAATAAATTTAAAGAGAGAGAGAGAGAGATCCGGTCAGGATGGGAAAGAGGAGTGGAGCGAGGATTTGGGCGATAAATTAGATTGAGATAGAGGGGCAAAGCATTCAAATAGCATGCGTTAGATTTGCATTAAAAAGTTTTAATTTTGAGAAAGAAGAGAGAAAAAAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131012039
ATGGCTCAAGAGGAAAATGTTTTTGGGTGCAGCTATAGTGGCGGTGGCGGCAATGGAGGAGGCGGTGGCGGCGGAGGCGGTGGTGGTGGTGGGAGTTGTAGGTCTAAAAAAATTAAGCCCAAAAAAGTGCCTCAGAGAGGATTAGGTGTGGCTCAGCTTGAAAAGATTAGAATAGAGGAAGAGCAAAAGAATGTGATTGCTTCTTCTTCACCTAGTGATGGTGGTGGTGGTGCTACTTCATTTTTGGGTGTTCAGAAATT...
LOC131012039
ATGGCTCAAGAGGAAAATGTTTTTGGGTGCAGCTATAGTGGCGGTGGCGGCAATGGAGGAGGCGGTGGCGGCGGAGGCGGTGGTGGTGGTGGGAGTTGTAGGTCTAAAAAAATTAAGCCCAAAAAAGTGCCTCAGAGAGGATTAGGTGTGGCTCAGCTTGAAAAGATTAGAATAGAGGAAGAGCAAAAGAATGTGATTGCTTCTTCTTCACCTAGTGATGGTGGTGGTGGTGCTACTTCATTTTTGGGTGTTCAGAAATT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057795929.1
MAQEENVFGCSYSGGGGNGGGGGGGGGGGGGSCRSKKIKPKKVPQRGLGVAQLEKIRIEEEQKNVIASSSPSDGGGGATSFLGVQKFRPNLAPFHNSPPPSSSSNLSSPNALFRHSQSAPNIEILQESCSVSRHSNGEIGSRPMLWGGDYNHHLHHHHPFAFDLPFEPPTPTVLPQRSHHFQPPPSSMVNSISPSSVLTSHLEPPSNQSSLPNNYAPQWREEDKMVGVKKRSYPFSQESPPPLSSAPQHDLALCSSGYSP...
XP_057795930.1
MAQEENVFGCSYSGGGGNGGGGGGGGGGGGGSCRSKKIKPKKVPQRGLGVAQLEKIRIEEEQKNVIASSSPSDGGGGATSFLGVQKFRPNLAPFHNSPPPSSSSNLSSPNALFRHSQSAPNIEILQESCSVSRHSNGEIGSRPMLWGGDYNHHLHHHHPFAFDLPFEPPTPTVLPQRSHHFQPPPSSMVNSISPSSVLTSHLEPPSNQSSLPNNYAPQWREEDKMVGVKKRSYPFSQESPPPLSSAPQHDLALCSSGYSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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