当前解析结果
SmilChr02G001790| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001790 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001790 |
| 描述 | protein IQ-DOMAIN 10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 32659503 - 32661425 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012041 |
|---|---|
| GeneID | 131012041 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012041 |
| 原始查询 | SmilChr02G001790 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein IQ-DOMAIN 10-like |
| 产物 | protein IQ-DOMAIN 10-like |
| Arabidopsis | AT3G15050 (IQD10)IQ-domain 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820734] identity=49.2; qcov=0.917; evalue=8.89e-73; confidence=high |
| Rice | Os06g0155300- identity=52.5; qcov=0.744; evalue=1.03e-61; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00612 (IQ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012041 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.80000 | XP_057795934.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057795934.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057795934.1 |
| 4 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057795934.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795934.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:32660229 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B72,B93,C71 |
Chr2:32660504 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr2:32660791 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,B20 |
Chr2:32661001 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,B140 |
Chr2:32661120 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr2:32661136 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795934.1PF00612
IQ 58-77 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795934.1 |
Pfam | PF00612 |
IQ | Motif | 58 | 77 | 0.00024 | 21.3 | IQ calmodulin-binding motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。