当前解析结果
SmilChr02G001818| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001818 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001818 |
| 描述 | anther-specific protein LAT52-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 33058999 - 33059821 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012070 |
|---|---|
| GeneID | 131012070 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012070 |
| 原始查询 | SmilChr02G001818 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | anther-specific protein LAT52-like |
| 产物 | anther-specific protein LAT52-like |
| Arabidopsis | AT4G18596 (AT4G18596)Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827593] identity=40.1; qcov=1; evalue=1.56e-33; confidence=medium |
| Rice | Os04g0398700 (PS1)- identity=38.1; qcov=1.02; evalue=6.83e-30; confidence=medium |
| GO | GO:0005615 (GO:0005615) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01190 (Pollen_Ole_e_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012070 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057795962.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057795962.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795962.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795962.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795962.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:33059278 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C2 |
Chr2:33059395 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B99 |
Chr2:33059550 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr2:33059622 |
T |
TAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 8 | B111,B119,B125,B129,B134,B17,B28,C46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795962.1PF01190
Pollen_Ole_e_1 24-149 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795962.1 |
Pfam | PF01190 |
Pollen_Ole_e_1 | Domain | 24 | 149 | 4.5e-47 | 160.2 | Pollen protein Ole e 1 like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。