Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001821`

染色体: Chr02 坐标: 33083088-33085529 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001821`
名称	SmilChr02G001821
描述	protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 10-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	33083088 - 33085529 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012074`
GeneID	`131012074`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012074`
原始查询	`SmilChr02G001821`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 10-like
产物	protein LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 10-like
Arabidopsis	`AT2G42610` (LSH10) LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS-like protein (DUF640) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818861] identity=80.8; qcov=0.688; evalue=9.55e-77; confidence=high
Rice	`Os01g0828900` (G1L7) - identity=75.7; qcov=0.72; evalue=1.02e-68; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0009299 (mRNA transcription); GO:0009416 (response to light stimulus)
KEGG	-
Pfam	PF04852 (ALOG_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012074

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795967.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057795967.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795967.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795967.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795967.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:33083365`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B131,B26,C5
`Chr2:33083365`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B131,B26,C5
`Chr2:33083560`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B26,C5,C79
`Chr2:33083592`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,C61
`Chr2:33083599`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr2:33083605`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,C49
`Chr2:33083640`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B120
`Chr2:33083640`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B120
`Chr2:33083652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B45,B56,B96,C49
`Chr2:33083660`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B117,C12,C23
`Chr2:33083735`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C77
`Chr2:33083735`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795967.1

189 aa

189

ALOG_dom

PF04852 ALOG_dom 34-153 aa

XP_057795968.1

189 aa

189

ALOG_dom

PF04852 ALOG_dom 34-153 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795967.1`	Pfam	`PF04852`	ALOG_dom	Domain	34	153	2.9e-63	212.4	ALOG domain
`XP_057795968.1`	Pfam	`PF04852`	ALOG_dom	Domain	34	153	2.9e-63	212.4	ALOG domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939985.1
GAAGAAAAAAGAGGAGTAGCTAAAGCACTTTGATTGGTCCTTTCTCTTGTCTCCTCAATAACCTCATGATTTGATCACCCACTTAAATTAAATCAAATTCATCCTCATTTGCAAACCATATTATTCAATTCAATTTACTCTACACCAATTCTTGAAAACCCCCACAAAAATACAATAAATAAAAAGGGATGATGCCCAATATTAATCTAAGTGGAGAAGGATCATCATCATCATCAAGATCAGCTCCAGCTCCTCCACCG...

XM_057939984.1
AAAAAAGAGGAGTAGCTAAAGCACTTTGATTGGTCCTTTCTCTTGTCTCCTCAATAACCTCATGATTTGATCACCCACTTAAATTAAATCAAATTCATCCTCATTTGCAAACCATATTATTCAATTCAATTTACTCTACACCAATTCTTGAAAACCCCCACAAAAATACAATAAATAAAAAGGGATGATGCCCAATATTAATCTAAGTGGAGAAGGATCATCATCATCATCAAGATCAGCTCCAGCTCCTCCACCGGATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131012074
ATGATGCCCAATATTAATCTAAGTGGAGAAGGATCATCATCATCATCAAGATCAGCTCCAGCTCCTCCACCGGATCAAGATCACCACCCGCGGCTGCCGCCGCCGCCTCAGCTGAGCCGGTATGAGTCGCAGAAGCGGCGCGACTGGAACACCTTCGGGCAGTACCTGCGGAACCAGCGGCCGGCGGTGGCGCTGCCGCAGTGCAACTACACGCACGTGCTGGATTTCATGAGGTACCTTGATCAGTTCGGGAAGACTAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057795967.1
MMPNINLSGEGSSSSSRSAPAPPPDQDHHPRLPPPPQLSRYESQKRRDWNTFGQYLRNQRPAVALPQCNYTHVLDFMRYLDQFGKTKVHIQGCAFFGQPEPVGPCTCPLRQAWGSLDALVGRLRAAYEENGGLPETNPFANGAIRVYLREVRDSQATARGIPYKKKKKRRKKNNEAVASNFHQMQTSGI

XP_057795968.1
MMPNINLSGEGSSSSSRSAPAPPPDQDHHPRLPPPPQLSRYESQKRRDWNTFGQYLRNQRPAVALPQCNYTHVLDFMRYLDQFGKTKVHIQGCAFFGQPEPVGPCTCPLRQAWGSLDALVGRLRAAYEENGGLPETNPFANGAIRVYLREVRDSQATARGIPYKKKKKRRKKNNEAVASNFHQMQTSGI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器