Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001839`

染色体: Chr02 坐标: 33521896-33526589 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001839`
名称	SmilChr02G001839
描述	gamma-glutamyl hydrolase 2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	33521896 - 33526589 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012088`
GeneID	`131012088`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012088`
原始查询	`SmilChr02G001839`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	gamma-glutamyl hydrolase 2-like
产物	gamma-glutamyl hydrolase 2-like
Arabidopsis	`AT1G78680` (GGH2) gamma-glutamyl hydrolase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844204] identity=62.8; qcov=1; evalue=4.17e-160; confidence=high
Rice	`Os05g0517500` - identity=64.1; qcov=0.91; evalue=3.68e-141; confidence=high
GO	GO:0005773 (vacuole); GO:0034722 (gamma-glutamyl-peptidase activity); GO:0046900 (tetrahydrofolylpolyglutamate metabolic process)
KEGG	smil00790 (Folate biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00117 (GATase); PF07722 (Peptidase_C26)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012088

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057795987.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057795987.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795987.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795987.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795987.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:33522370`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr2:33523073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B137,B66,B7,B76
`Chr2:33526164`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D7
`Chr2:33526164`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D7
`Chr2:33526167`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D7
`Chr2:33526167`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D7
`Chr2:33526268`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,C20,C84,C9
`Chr2:33526358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795987.1

343 aa

172

343

Peptidase_C26

GATase

PF07722 Peptidase_C26 56-272 aa PF00117 GATase 89-274 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795987.1`	Pfam	`PF07722`	Peptidase_C26	Domain	56	272	2.1e-16	61.1	Peptidase C26
`XP_057795987.1`	Pfam	`PF00117`	GATase	Domain	89	274	1.5e-10	41.8	Glutamine amidotransferase class-I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940004.1
ATAATAATTTGTCTAAAATATAGAGGAGTGAAATGTACGTCTCTATTTTCCGTTTGTTGTAAATATCTTTGAATGTCAAAATCAGTTATATGCTTCATCACTACAGGCACCTCCATTTTCTCCCGGCACCTCCATTTTCTCCTCCGCCGCCGCTAATCGCCGGCCTCCTACACCTTCTCCTCCTCCTCTTCCAACATGCTGTATATTATCTGGATTTCTCTCCTCGTAGCTCTCTCCCATGAGCTCAGCGCTTCCGTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012088
ATGCTGTATATTATCTGGATTTCTCTCCTCGTAGCTCTCTCCCATGAGCTCAGCGCTTCCGTCAACGCTCAGTCCACTGACGCGCTGCTCCTCCTGCCCACTCATAACGACGCCGTCGTTGCTGGTCCCCGGTGCCCCACGGCGGACCCCAATCTCAATTTCCGACCGGTCATCGGAATTCTCAGCCACCCTGGCGACGGCGCCTCCGGGCGCCTCAGCAATGCCACTAATGCGTCTTACATAGCTGCTTCTTATGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795987.1
MLYIIWISLLVALSHELSASVNAQSTDALLLLPTHNDAVVAGPRCPTADPNLNFRPVIGILSHPGDGASGRLSNATNASYIAASYVKFVESAGARVVPLIYNEPPEVLYKKLSLVNGVIFTGGSSKTGLYFEVVTSIFKDVLRKNDAGDRFPLLAICLGFELLTMIVSKDNDILERFSASDQASTLQFVENIDITGTVFERFPSVLLNKLSTECLVMQNHKFGISPEKLQKTKSLSSFFEILTTTADSDDKVYVSTAQAH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器