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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001846

染色体: Chr02 坐标: 33672121-33675345 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001846
名称SmilChr02G001846
描述uncharacterized SmilChr02G001846
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向33672121 - 33675345 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012096
GeneID131012096
locus_tag-
NCBI NameLOC131012096
原始查询SmilChr02G001846

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012096

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795995.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057795995.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057795994.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795995.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795995.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:33672602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,C10,C34,C70
Chr2:33672610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B52
Chr2:33672611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B35,B63,B83,C15
Chr2:33672613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr2:33672618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr2:33672627 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 36 A1,A14,A22,A7,A8,B105,B110,B127,B136,B139,B21,B22,B3,B32,B41,B47,B51,B58,B71,B74,B76,C17,C20,C22,C24,C26,C28,C30,C42,C44,C52,C59,C67,C78,C9,D9
Chr2:33672631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B120,B72,C52
Chr2:33672638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C2
Chr2:33672781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:33672782 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 55 A16,A19,A2,A23,A24,A4,A7,B1,B107,B108,B110,B111,B12,B129,B134,B137,B139,B18,B22,B30,B33,B35,B45,B46,B48,B50,B55,B66,B70,B74,B75,B79,B8,B85,B86,B94,C1,C18,C23,C29,C30,C4,C40,C43,C50,C59,C62,C70,C73,C79,C83,C87,D10,D11,D3
Chr2:33672793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C18
Chr2:33672804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B126,B76,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

15 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097193.1
CTCAATTTCAAAATCAGATCTCTAGGGTTTCAAGTTTCACTTTGAATTTCTCTTTCTCCGGTGAATCTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCTGCTCGACCGTTCCTCACGCCCTCTGCTCTCACCGTTTCAGCTCGCGGCAGTTCGGCAGTCGCCGAGGAAATCTCGGCTGCGGCGGGCGATGAGAGCGTGATTCGGGAAGATAAGCTGCGTAGCACAAGGAATCATCGGCGACATACGACTGGACCGAGGAA...
XR_009097188.1
CTCAATTTCAAAATCAGATCTCTAGGGTTTCAAGTTTCACTTTGAATTTCTCTTTCTCCGGTGAATCTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCTGCTCGACCGTTCCTCACGCCCTCTGCTCTCACCGTTTCAGCTCGCGGCAGTTCGGCAGTCGCCGAGGAAATCTCGGCTGCGGCGGGCGATGAGAGCGTGATTCGGGAAGATAAGCTGCGTAGCACAAGGAATCATCGGCGACATACGACTGGACCGAGGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131012096
ATGGTATCCGTTGTACCTCGCGAAGCAAGTATCGGACGACGCGCCGCTAGGGCTCACCGCGACATCTGCCGCAAACCGCCGCGGCTCGAGCAGCACCAGCGGTCGTCGCCGCCAGGAATCGACCGAATGTCGAACGTTGTCGATTCGAGGGTGAGAAATGAGCAAAGAGGAATCCTAAAGCATTTTAGTTCAAGTCCTTTGGGGAAGCTTAGCACAGAAGATGGAAAACCTAATGTTGATGTATTAAAGAACAAATGTGA...
LOC131012096
ATGGTATCCGTTGTACCTCGCGAAGCAAGTATCGGACGACGCGCCGCTAGGGCTCACCGCGACATCTGCCGCAAACCGCCGCGGCTCGAGCAGCACCAGCGGTCGTCGCCGCCAGGAATCGACCGAATGTCGAACGTTGTCGATTCGAGGGTGAGAAATGAGCAAAGAGGAATCCTAAAGCATTTTAGTTCAAGTCCTTTGGGGAAGCTTAGCACAGAAGATGGAAAACCTAATGTTGATGTATTAAAGAAGATCTTTAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795994.1
MVSVVPREASIGRRAARAHRDICRKPPRLEQHQRSSPPGIDRMSNVVDSRVRNEQRGILKHFSSSPLGKLSTEDGKPNVDVLKKIFKRIDDDDDGKHFTHRNREQMRSILLWL
XP_057795995.1
MVSVVPREASIGRRAARAHRDICRKPPRLEQHQRSSPPGIDRMSNVVDSRVRNEQRGILKHFSSSPLGKLSTEDGKPNVDVLKNKCDLFWGSEQSRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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