当前解析结果
SmilChr02G001848| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001848 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001848 |
| 描述 | glutathione S-transferase U19-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 33706994 - 33708251 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012098 |
|---|---|
| GeneID | 131012098 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012098 |
| 原始查询 | SmilChr02G001848 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase U19-like |
| 产物 | glutathione S-transferase U19-like |
| Arabidopsis | AT1G78380 (GSTU19)glutathione S-transferase TAU 19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844174] identity=64.8; qcov=0.986; evalue=2.93e-104; confidence=high |
| Rice | Os09g0367700 (OsGSTU5)- identity=50.9; qcov=1.03; evalue=8.77e-82; confidence=high |
| GO | GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process) |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012098 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057795999.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057795999.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795999.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795999.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795999.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:33707102 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,C49 |
Chr2:33707147 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr2:33707343 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr2:33707355 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 71 | A1,A11,A13,A19,A23,A3,A4,A8,B1,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B111,B112,B120,B131,B132,B139,B15,B23,B24,B25,B3,B31,B49,B5,B53,B55,B66,B7,B72,B73,B82,B87,B94,B97,C11,C13,C17,C19,C2,C20,C22,C27,C38,C39,C4,C40,C42,C43,C47,C5,C55,C58,C59,C60,C61,C68,C69,C78,C79,C81,C9,D1,D2,D3,D5,D9 |
Chr2:33707387 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B91,D3 |
Chr2:33707882 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr2:33708002 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795999.1PF02798
GST_N 4-76 aa
PF13417
GST_N_3 7-76 aa
PF13409
GST_N_2 13-76 aa
PF00043
GST_C 118-192 aa
PF13410
GST_C_2 121-188 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795999.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 4 | 76 | 3.5e-20 | 72.8 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057795999.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 7 | 76 | 1.2e-13 | 51.8 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057795999.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 13 | 76 | 1.2e-11 | 45.7 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057795999.1 |
Pfam | PF00043 |
GST_C | Domain | 118 | 192 | 6.2e-10 | 39.9 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
XP_057795999.1 |
Pfam | PF13410 |
GST_C_2 | Domain | 121 | 188 | 2.2e-11 | 44.4 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。