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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001848

染色体: Chr02 坐标: 33706994-33708251 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001848
名称SmilChr02G001848
描述glutathione S-transferase U19-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向33706994 - 33708251 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012098
GeneID131012098
locus_tag-
NCBI NameLOC131012098
原始查询SmilChr02G001848

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase U19-like
产物glutathione S-transferase U19-like
ArabidopsisAT1G78380 (GSTU19)
glutathione S-transferase TAU 19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844174]
identity=64.8; qcov=0.986; evalue=2.93e-104; confidence=high
RiceOs09g0367700 (OsGSTU5)
-
identity=50.9; qcov=1.03; evalue=8.77e-82; confidence=high
GOGO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process)
KEGGsmil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012098

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057795999.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057795999.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795999.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795999.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795999.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:33707102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B3,C49
Chr2:33707147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:33707343 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:33707355 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 71 A1,A11,A13,A19,A23,A3,A4,A8,B1,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B111,B112,B120,B131,B132,B139,B15,B23,B24,B25,B3,B31,B49,B5,B53,B55,B66,B7,B72,B73,B82,B87,B94,B97,C11,C13,C17,C19,C2,C20,C22,C27,C38,C39,C4,C40,C42,C43,C47,C5,C55,C58,C59,C60,C61,C68,C69,C78,C79,C81,C9,D1,D2,D3,D5,D9
Chr2:33707387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,D3
Chr2:33707882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr2:33708002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795999.1
219 aa
N
1
110
219
GST_N
GST_N_3
GST_N_2
GST_C
GST_C_2
C
PF02798 GST_N 4-76 aa PF13417 GST_N_3 7-76 aa PF13409 GST_N_2 13-76 aa PF00043 GST_C 118-192 aa PF13410 GST_C_2 121-188 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795999.1 Pfam PF02798 GST_N Domain 4 76 3.5e-20 72.8 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057795999.1 Pfam PF13417 GST_N_3 Domain 7 76 1.2e-13 51.8 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057795999.1 Pfam PF13409 GST_N_2 Domain 13 76 1.2e-11 45.7 Glutathione S-transferase, N-terminal domain
XP_057795999.1 Pfam PF00043 GST_C Domain 118 192 6.2e-10 39.9 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
XP_057795999.1 Pfam PF13410 GST_C_2 Domain 121 188 2.2e-11 44.4 Glutathione S-transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940016.1
CTGATACTCTGCTCTCAGACATCTCTCAGGAATTTCTACTACTAAAACAAATCAAGTCAAAATCTAAAATTTTCTGGGAGGAAAATAAATGAAGGAGAAGGTGATTCTGGTGGATATGCATCCTAGCATGTTCGGAATAAGGGCGAGAGTGGCGTTAGCAGAAAAGGGCGTGGAATACGAGTGCAGAGAAGAGGACTTGCAAAACAAAAGCCAGTTTCTGCTTGAGATGAACCCTGTTCACAAGAAGATCCCCGTTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012098
ATGAAGGAGAAGGTGATTCTGGTGGATATGCATCCTAGCATGTTCGGAATAAGGGCGAGAGTGGCGTTAGCAGAAAAGGGCGTGGAATACGAGTGCAGAGAAGAGGACTTGCAAAACAAAAGCCAGTTTCTGCTTGAGATGAACCCTGTTCACAAGAAGATCCCCGTTTTGATCCACAACGGCAAACCCGTTTGCGAGTCGCTCATCATTGTTGAGTACATCGACGAGGTTTGGAGCGACAAATCCCCTCTGCTGCCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795999.1
MKEKVILVDMHPSMFGIRARVALAEKGVEYECREEDLQNKSQFLLEMNPVHKKIPVLIHNGKPVCESLIIVEYIDEVWSDKSPLLPSDPYRRAQARFWADYIDKKLYDAQRWIWCVKGEEQDEKKKEFFEILKQLESELGEKPFFGGERFGFVDVALITYTPWFQTYETCGNLSMEQHCPKLIAWLKRCSHKETVSKSLSDPNKVYHYFLTLKERLGID

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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