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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001867

染色体: Chr02 坐标: 33927216-33928926 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001867
名称SmilChr02G001867
描述serine/threonine-protein kinase WAG1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向33927216 - 33928926 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012109
GeneID131012109
locus_tag-
NCBI NameLOC131012109
原始查询SmilChr02G001867

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase WAG1-like
产物serine/threonine-protein kinase WAG1-like
ArabidopsisAT3G14370 (WAG2)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820658]
identity=62.6; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0253200
-
identity=54.5; qcov=0.748; evalue=3.58e-128; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012109

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057796007.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057796007.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796007.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796007.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796007.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:33927410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr2:33927439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B89,C62
Chr2:33927551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,C74,C8
Chr2:33927560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C81,D6
Chr2:33927589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A9,B104,C76
Chr2:33927709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105
Chr2:33927739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B8,C5,C58
Chr2:33927814 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr2:33927970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B71,B89,C62,D11
Chr2:33928112 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C80
Chr2:33928112 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C80
Chr2:33928150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796007.1
476 aa
N
1
238
476
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 100-253 aa PF00069 Pkinase 102-399 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 293-347 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796007.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 100 253 6.8e-33 114.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057796007.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 102 399 3.6e-59 201.0 Protein kinase domain
XP_057796007.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 293 347 6.8e-33 114.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940024.1
AATAATACATCGCAGCTGCATTGCCTATATAAAGCAAGCATCTCATGCAACCCACTACGCCAAAGAAAGAAACCCTCGAACGAAAATATGGATCAAGAAGAGTCCATCTACAGCTACTACTTAGCAGCAGACTCCGATTTAGACCTGAGCTTCACCTCCGTCACCACCGCCACCACCGACCGCACCCTCTCCGCCCGCAGCAGCTTAGCCCGGAGCAGCCTCACCCTCAGCTTCAACGAGTCCCGCCTCTCCACCGCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012109
ATGGATCAAGAAGAGTCCATCTACAGCTACTACTTAGCAGCAGACTCCGATTTAGACCTGAGCTTCACCTCCGTCACCACCGCCACCACCGACCGCACCCTCTCCGCCCGCAGCAGCTTAGCCCGGAGCAGCCTCACCCTCAGCTTCAACGAGTCCCGCCTCTCCACCGCCTCCACCACCTCCACAGCCGTCCCCAACGTCCACCACCGCCCCCACCGCCGCCACGACAACCCCAACTGGGCGGCCGTGAACGCCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796007.1
MDQEESIYSYYLAADSDLDLSFTSVTTATTDRTLSARSSLARSSLTLSFNESRLSTASTTSTAVPNVHHRPHRRHDNPNWAAVNAATTLSADGALHLRHLKLLKLVGAGNLGRVFLCRLRDYEHANFALKVVDRDSLSSKKISHVQTEAQILSSLDHPFLPTLYAHIEVSHYICLLMDYCPNGDLHALLRKQPYNRLSLQAVRFFAAEVLLALEYLHAQGIVYRDLKPENILIREDGHIMLSDFDLCFNSDISPKLESRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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