Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001901`

染色体: Chr02 坐标: 34308094-34309232 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001901`
名称	SmilChr02G001901
描述	uncharacterized SmilChr02G001901
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	34308094 - 34309232 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008350`
GeneID	`131008350`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008350`
原始查询	`SmilChr02G001901`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=38.6; qcov=0.289; evalue=7.97e-10; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008350

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791217.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057791217.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791217.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791217.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791217.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:34308132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B30,C37
`Chr2:34308185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B81,C71
`Chr2:34308204`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,D10
`Chr2:34308206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,D10
`Chr2:34308219`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	25	A13,A18,A25,A9,B10,B114,B122,B128,B129,B13,B140,B30,B35,B61,B62,B73,B74,B8,B98,C29,C36,C37,C40,C46,C47
`Chr2:34308235`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	66	A16,A2,A22,A24,A6,A7,A8,B105,B109,B110,B12,B122,B124,B136,B138,B2,B23,B25,B26,B29,B32,B37,B38,B39,B4,B40,B45,B51,B6,B7,B77,B90,B92,B93,B94,B97,C13,C14,C15,C16,C19,C2,C21,C22,C27,C33,C38,C41,C44,C45,C48,C54,C56,C59,C60,C61,C62,C63,C65,C73,C76,C78,C85,D3,D4,D9
`Chr2:34308279`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,C8
`Chr2:34308285`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr2:34308347`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr2:34308350`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr2:34308351`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr2:34308363`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935234.1
ATGGCAGAGGTTGATGGCACTGCTTCGGCAGTTGCTCCGGCCAAGGCGTCTTATGCAGCGATTATGGGACCGATGCAAGTCTCAGAATTTCAATATGCTCTTATTGGCCGAGTTATTCTTCGTAAGGGAGAAAAACCTCTACCTAATATTATTCTAAAGCAGGAACTTCATAAGGTTTGGCATATTCAGAATGATTGGCAGCTTATTCCCATGGGAAATGGTTTCTTCATTCTGAAATTTTCCAATGTAGTGGACAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008350
ATGGCAGAGGTTGATGGCACTGCTTCGGCAGTTGCTCCGGCCAAGGCGTCTTATGCAGCGATTATGGGACCGATGCAAGTCTCAGAATTTCAATATGCTCTTATTGGCCGAGTTATTCTTCGTAAGGGAGAAAAACCTCTACCTAATATTATTCTAAAGCAGGAACTTCATAAGGTTTGGCATATTCAGAATGATTGGCAGCTTATTCCCATGGGAAATGGTTTCTTCATTCTGAAATTTTCCAATGTAGTGGACAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791217.1
MAEVDGTASAVAPAKASYAAIMGPMQVSEFQYALIGRVILRKGEKPLPNIILKQELHKVWHIQNDWQLIPMGNGFFILKFSNVVDKDQLLVECWHPKIIAGIDRHIGLPLKIETAFANGIFGHFARILVEVDLGLSLPETLLINCDEGSFYVEFSYEKLPLYCSRCKITGHSLDKCKRSEVQDKKQPKKKRPAQVEGEGKAVKKVENAKQWHVVRGEQAAAAVVGHATDMPGERNSLAILAKEKDSDMEHPKPAEEVGGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器