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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001909

染色体: Chr02 坐标: 34382304-34384043 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001909
名称SmilChr02G001909
描述uncharacterized SmilChr02G001909
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向34382304 - 34384043 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008352
GeneID131008352
locus_tag-
NCBI NameLOC131008352
原始查询SmilChr02G001909

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os10g0443400; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os10g0443400; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT3G42170 (DAYSLEEPER)
BED zinc finger and hAT dimerization domain-containing protein DAYSLEEPER [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3769417]
identity=41.6; qcov=0.34; evalue=6.67e-19; confidence=low
RiceOs10g0443400
-
identity=45.8; qcov=0.45; evalue=3.99e-28; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF02892 (zf-BED); PF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008352

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791219.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791219.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791219.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791219.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791219.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791219.1
262 aa
N
1
131
262
zf-BED
Dimer_Tnp_hAT
C
PF02892 zf-BED 61-91 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 130-211 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791219.1 Pfam PF02892 zf-BED Domain 61 91 4.9e-05 24.0 BED zinc finger
XP_057791219.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 130 211 5.5e-29 100.5 hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935236.1
ATGAGTTTGTCTACCACAGGATGCTCTAAATCAAAGGAGAGTGAAAATAAGTTGAATGAAGAAGAGTTTGTTGAACAACTTGTGAATGTGATTGTGCTTGAAGATGATTCCACCAAGGCTAAAGCCGTTGAGACCACGGAAGTGAAAGTAGAAGATGGTAAAACGGCCAAAAAACTTACTTCTAAAGCTTGGGATCATTTCAAGATAATAATGGTGAATGGTGTTCAAAAAGCAAAATGCAACTACTGCACGGCTATATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008352
ATGAGTTTGTCTACCACAGGATGCTCTAAATCAAAGGAGAGTGAAAATAAGTTGAATGAAGAAGAGTTTGTTGAACAACTTGTGAATGTGATTGTGCTTGAAGATGATTCCACCAAGGCTAAAGCCGTTGAGACCACGGAAGTGAAAGTAGAAGATGGTAAAACGGCCAAAAAACTTACTTCTAAAGCTTGGGATCATTTCAAGATAATAATGGTGAATGGTGTTCAAAAAGCAAAATGCAACTACTGCACGGCTATATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791219.1
MSLSTTGCSKSKESENKLNEEEFVEQLVNVIVLEDDSTKAKAVETTEVKVEDGKTAKKLTSKAWDHFKIIMVNGVQKAKCNYCTAILKRSEKNNELWKGKEVGGDECGDEEDTYAQAKRTKKRKVHVRGEVEHYLDDDPIPENDAFDVLDWWKRDQMYPTLQKIAKDILAIPVSSVASESAFSTGGRVVSAHRSRLHSRTVEALMCLQNWMIDDVKGELDDTSACSTVNEDYDEDGEEQIDIIDMDVDDVESSCAMDDDF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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