Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001926`

染色体: Chr02 坐标: 34678675-34679722 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001926`
名称	SmilChr02G001926
描述	uncharacterized SmilChr02G001926
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	34678675 - 34679722 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008359`
GeneID	`131008359`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008359`
原始查询	`SmilChr02G001926`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=27; qcov=0.91; evalue=8.38e-36; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=40.3; qcov=0.972; evalue=1.21e-72; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008359

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057791225.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057791225.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057791225.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791225.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791225.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:34678691`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr2:34678761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B128,B39,B48,B71,C18
`Chr2:34678777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B120,C31,C65,C87
`Chr2:34678784`	`CCA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	10	A4,B1,B105,B115,B13,B23,B29,B45,B90,D5
`Chr2:34678845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	B122,B16,B35,B41,B45,B6,B97,C16,C24
`Chr2:34678846`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B79
`Chr2:34678871`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B119,C3
`Chr2:34678877`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,B56,C33,C83,C86
`Chr2:34678881`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B4,B78,C51,C52,C84
`Chr2:34678881`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B4,B78,C51,C52,C84
`Chr2:34678982`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr2:34679017`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B4,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791225.1

322 aa

161

322

MULE

Transposase_mut

PF10551 MULE 44-139 aa PF00872 Transposase_mut 61-143 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791225.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	44	139	1.7e-18	67.5	MULE transposase domain
`XP_057791225.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	61	143	5.9e-07	29.4	Transposase, Mutator family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935242.1
ATGCCTGGAAGTAAGATGGAATTTCAGCTTTCTAGTGAGCAGCTTCAGAGTGGAATGAAGGTATTTAAGAGAATCTTTGTGATGTTAGAACCATGTAGGCAGAACTGGCTAGGTGGATGTAGGCCCCTAATATCTCTAGATGGTTGTCACTTAAAGGGAAAAACATTTGGATGCCTCTTGACTGCTGTGGGGAAGGATGGGAATGATGGCATAGTTCCCATTGCTTGGGCAGTGGTTAATAAAGAAAACAAGAACAACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008359
ATGCCTGGAAGTAAGATGGAATTTCAGCTTTCTAGTGAGCAGCTTCAGAGTGGAATGAAGGTATTTAAGAGAATCTTTGTGATGTTAGAACCATGTAGGCAGAACTGGCTAGGTGGATGTAGGCCCCTAATATCTCTAGATGGTTGTCACTTAAAGGGAAAAACATTTGGATGCCTCTTGACTGCTGTGGGGAAGGATGGGAATGATGGCATAGTTCCCATTGCTTGGGCAGTGGTTAATAAAGAAAACAAGAACAACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791225.1
MPGSKMEFQLSSEQLQSGMKVFKRIFVMLEPCRQNWLGGCRPLISLDGCHLKGKTFGCLLTAVGKDGNDGIVPIAWAVVNKENKNNWRWFMMWLKKELNLEEGGQVTVMSDMQKGLMEAVKEVTPQAEHRWCARHIYANWSKKWRGEEFKKRFWTAAWSSYPMEFKMNMAKLSAINKKATTDLLQYPSEHWCRAFQSSRCSTYMVDNNISESFNSSISDARHKPIISILEDIRMIVMSRIRDRKSVVNTWKTEWCPNALK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器