Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001935`

染色体: Chr02 坐标: 34765933-34766507 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001935`
名称	SmilChr02G001935
描述	glutathione S-transferase 3-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	34765933 - 34766507 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008365`
GeneID	`131008365`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008365`
原始查询	`SmilChr02G001935`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutathione S-transferase 3-like
产物	glutathione S-transferase 3-like
Arabidopsis	`AT1G78380` (GSTU19) glutathione S-transferase TAU 19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844174] identity=72.4; qcov=0.882; evalue=3.21e-52; confidence=high
Rice	`Os09g0367700` (OsGSTU5) - identity=59.6; qcov=0.958; evalue=3.66e-42; confidence=medium
GO	GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process)
KEGG	smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13417 (GST_N_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008365

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057791233.1`
2	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057791233.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791233.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791233.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791233.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:34766215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C81
`Chr2:34766215`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr2:34766228`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A21,A25,B113,B28,B50,B81,C18
`Chr2:34766253`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:34766314`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,C68
`Chr2:34766325`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	D4
`Chr2:34766325`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	D4
`Chr2:34766376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B107,B94,D3
`Chr2:34766410`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C5
`Chr2:34766417`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	119	A1,A11,A13,A15,A18,A19,A20,A23,A24,A3,A5,A7,A8,B1,B100,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B111,B112,B113,B117,B12,B120,B127,B128,B131,B132,B137,B139,B14,B15,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B29,B3,B33,B38,B39,B4,B40,B45,B46,B49,B5,B52,B53,B55,B56,B58,B60,B61,B64,B65,B66,B68,B72,B73,B79,B80,B81,B82,B87,B94,B96,B97,B98,C11,C13,C17,C19,C2,C20,C27,C28,C29,C32,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C42,C43,C44,C47,C48,C5,C55,C58,C59,C60,C61,C68,C69,C70,C76,C78,C79,C85,C9,D1,D10,D2,D3,D5,D7,D9
`Chr2:34766443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B59,B6,C67
`Chr2:34766457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B105,B115,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791233.1

119 aa

119

GST_N

GST_N_3

GST_N_2

PF02798 GST_N 4-76 aa PF13417 GST_N_3 9-76 aa PF13409 GST_N_2 16-76 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791233.1`	Pfam	`PF02798`	GST_N	Domain	4	76	7.2e-18	65.4	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057791233.1`	Pfam	`PF13417`	GST_N_3	Domain	9	76	2.1e-10	41.5	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057791233.1`	Pfam	`PF13409`	GST_N_2	Domain	16	76	1.6e-07	32.6	Glutathione S-transferase, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935250.1
ATGGCGGAGAAGGTAATTCTGCTGGATGCGTATCCTAGCACGTCTGGAATGAGGGTGAGAGTGGCGTTAGCAGAAAAGGACGTGGAATATGAGTACAGAGAGGAGAACTTGCGTAACAAAAGCCAGCTTTTGCTCCAGTCCAACCCCGTTCATAAGCAAATCCTCGTTTTGATTCACAACGGCAAACCCATTTGCGAATCCCTCATCATTGTTCAGTACATCGACGAGGTGTGGAACCACAAGTCTCCGCTGCTGCTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008365
ATGGCGGAGAAGGTAATTCTGCTGGATGCGTATCCTAGCACGTCTGGAATGAGGGTGAGAGTGGCGTTAGCAGAAAAGGACGTGGAATATGAGTACAGAGAGGAGAACTTGCGTAACAAAAGCCAGCTTTTGCTCCAGTCCAACCCCGTTCATAAGCAAATCCTCGTTTTGATTCACAACGGCAAACCCATTTGCGAATCCCTCATCATTGTTCAGTACATCGACGAGGTGTGGAACCACAAGTCTCCGCTGCTGCTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791233.1
MAEKVILLDAYPSTSGMRVRVALAEKDVEYEYREENLRNKSQLLLQSNPVHKQILVLIHNGKPICESLIIVQYIDEVWNHKSPLLLSDPYQRAQATFWADYLDKKDFSKCYVYEALVTL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器