当前解析结果
SmilChr02G001937| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001937 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001937 |
| 描述 | glutathione S-transferase U19-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 34774139 - 34775332 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012164 |
|---|---|
| GeneID | 131012164 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012164 |
| 原始查询 | SmilChr02G001937 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glutathione S-transferase U19-like |
| 产物 | glutathione S-transferase U19-like |
| Arabidopsis | AT1G78380 (GSTU19)glutathione S-transferase TAU 19 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844174] identity=70.8; qcov=0.986; evalue=1.49e-114; confidence=high |
| Rice | Os09g0367700 (OsGSTU5)- identity=54; qcov=1.04; evalue=2.53e-88; confidence=high |
| GO | GO:0004364 (glutathione transferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006749 (glutathione metabolic process) |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00043 (GST_C); PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3); PF14497 (GST_C_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012164 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057796065.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057796065.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796065.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796065.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796065.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:34774489 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B127,B76 |
Chr2:34774561 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr2:34774596 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,A18,B100,B78 |
Chr2:34774641 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B54 |
Chr2:34774960 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796065.1PF02798
GST_N 4-76 aa
PF13417
GST_N_3 7-76 aa
PF13409
GST_N_2 13-76 aa
PF00043
GST_C 116-192 aa
PF14497
GST_C_3 119-197 aa
PF13410
GST_C_2 121-188 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796065.1 |
Pfam | PF02798 |
GST_N | Domain | 4 | 76 | 1.2e-19 | 71.1 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057796065.1 |
Pfam | PF13417 |
GST_N_3 | Domain | 7 | 76 | 3.7e-14 | 53.5 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057796065.1 |
Pfam | PF13409 |
GST_N_2 | Domain | 13 | 76 | 1.3e-10 | 42.5 | Glutathione S-transferase, N-terminal domain |
XP_057796065.1 |
Pfam | PF00043 |
GST_C | Domain | 116 | 192 | 5.9e-11 | 43.2 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
XP_057796065.1 |
Pfam | PF14497 |
GST_C_3 | Domain | 119 | 197 | 5.4e-06 | 27.3 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
XP_057796065.1 |
Pfam | PF13410 |
GST_C_2 | Domain | 121 | 188 | 1.2e-13 | 51.7 | Glutathione S-transferase, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。