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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001969

染色体: Chr02 坐标: 35626482-35628523 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001969
名称SmilChr02G001969
描述uncharacterized SmilChr02G001969
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向35626482 - 35628523 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012186
GeneID131012186
locus_tag-
NCBI NameLOC131012186
原始查询SmilChr02G001969

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838280]; symbol=HBP1; hit=AT1G17100; species=arabidopsis; confidence=high
产物SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838280]; symbol=HBP1; hit=AT1G17100; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G17100 (HBP1)
SOUL heme-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838280]
identity=63.4; qcov=0.898; evalue=1.19e-93; confidence=high
RiceOs01g0210500
-
identity=65.2; qcov=0.831; evalue=1.01e-91; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04832 (SOUL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012186

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057796080.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796080.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796080.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796080.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796080.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:35626934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr2:35626942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,C35,C53,C76
Chr2:35626978 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 24 A21,A4,B117,B12,B125,B127,B138,B17,B20,B23,B24,B53,B71,B85,B90,B92,C12,C53,C57,C58,C64,C66,C7,C72
Chr2:35627002 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,A24,B77
Chr2:35627061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:35628163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr2:35628197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B105

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796080.1
225 aa
N
1
112
225
SOUL
C
PF04832 SOUL 42-221 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796080.1 Pfam PF04832 SOUL Family 42 221 1.5e-52 178.8 SOUL heme-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940097.1
CAAATGCATCTACGTGTCAATTCCTTTACCATGCAACTCAGATACTCCCAATTGGCAAATCAAAGTAACTGGAAAAATCTTCCCCCAAAATTAAATTTGACGAGAAAGATAAAATTTTACAATAAAAATCGTGGACAGAATTCCTCACCGTCTTCTTAAATTTGCGAATCTCACCTTCAATTTCTGATCAAGATAAACCTTAAACTCCACTCGCAATCTCAGTTGCGAAGCTCATTTAGAAAATGGCTTTCTTGGATATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012186
ATGGCTTTCTTGGATATCTTGAAGTTGTCGTTCCTTCTCAACTTTCTCTCGAGCTCGAATTTGGTTCTGTCGCCGGAGAAAAATGCCGGCGGCGTCAGCGTCTTTCCGCCTACGTGCAGCCGTATTGAGTGCCCCAGCTACGATCTGATCCACGCCGGAAATGGATTTGAAATCCGGCGTTACAATTCGAGCATGTGGGCATCTACGCAGCCTATCGATGACGATATCTCATTTGTTTCTGCAACCAGGAGAGGATTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796080.1
MAFLDILKLSFLLNFLSSSNLVLSPEKNAGGVSVFPPTCSRIECPSYDLIHAGNGFEIRRYNSSMWASTQPIDDDISFVSATRRGFLQLFDYIQGKNDYQQKIEMTGPVITEVKPSNGPFCASSFVVSFYVPKENQENPPPAEGLHLQKWGVTYVAVRQFGGFIADEELGEEAAALYASIAGTEWANAIAKSHAGEEVTEYIVAQYNSPFEFQNRVNEIWFTFDW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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