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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001978

染色体: Chr02 坐标: 35732406-35735687 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001978
名称SmilChr02G001978
描述uncharacterized SmilChr02G001978
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向35732406 - 35735687 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012192
GeneID131012192
locus_tag-
NCBI NameLOC131012192
原始查询SmilChr02G001978

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Regulator of chromosome condensation (RCC1) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834886]; symbol=RUG2; hit=AT5G48330; species=arabidopsis; confidence=high
产物Regulator of chromosome condensation (RCC1) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834886]; symbol=RUG2; hit=AT5G48330; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G48330 (RUG2)
Regulator of chromosome condensation (RCC1) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834886]
identity=59.4; qcov=1.02; evalue=2.42e-175; confidence=high
RiceOs02g0197500
-
identity=57.5; qcov=0.423; evalue=1.82e-57; confidence=low
GOGO:0005085 (guanyl-nucleotide exchange factor activity); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF00415 (RCC1); PF13540 (RCC1_2); PF25390 (WD40_RLD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057796084.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057796084.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796084.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796084.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796084.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:35733601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr2:35733747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B6,C1,C67
Chr2:35733874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:35734318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr2:35734555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,A9,B99
Chr2:35734599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B13,B29,B97,C52
Chr2:35734633 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C78
Chr2:35734633 CTT C 2bp_deletion CDS_variant 1 C78
Chr2:35734703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C17,C5
Chr2:35735258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C4,C70
Chr2:35735307 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr2:35735326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796084.1
428 aa
N
1
214
428
WD40_RLD
RCC1
RCC1_2
RCC1
RCC1
RCC1_2
RCC1_2
RCC1
RCC1_2
RCC1
C
PF25390 WD40_RLD 20-423 aa PF00415 RCC1 22-70 aa PF13540 RCC1_2 57-86 aa PF00415 RCC1 73-124 aa PF00415 RCC1 128-178 aa PF13540 RCC1_2 165-188 aa PF13540 RCC1_2 259-288 aa PF00415 RCC1 331-373 aa PF13540 RCC1_2 361-388 aa PF00415 RCC1 378-425 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796084.1 Pfam PF25390 WD40_RLD Repeat 20 423 2.2e-82 278.0 RCC1-like domain
XP_057796084.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 22 70 8.3e-67 222.3 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057796084.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 57 86 5e-39 131.8 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057796084.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 73 124 8.3e-67 222.3 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057796084.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 128 178 8.3e-67 222.3 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057796084.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 165 188 5e-39 131.8 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057796084.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 259 288 5e-39 131.8 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057796084.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 331 373 8.3e-67 222.3 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057796084.1 Pfam PF13540 RCC1_2 Repeat 361 388 5e-39 131.8 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat
XP_057796084.1 Pfam PF00415 RCC1 Repeat 378 425 8.3e-67 222.3 Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097229.1
CGAGTCCACAAGTTTCGGGCTGAATTGATATCTCTACGGGTTGGGCCGGAAATGTGTATATAACCATTAACCGTCGGGGTAGTTGATGGTTAGGCCCGTGTGAAAGTATAACTCTGTTACACCATTTTCAATCACTCACAAACAACTAAACTCGCACAATGCTACGATTCCTCACCATAACCCGATCGGGCCTTCGGAGCCGCCGGTGGATGTCCGTCATGAGCTTCGGCGATAACTCCCAGGGTGCACTCGGTCTCCAC...
XR_009097228.1
CGAGTCCACAAGTTTCGGGCTGAATTGATATCTCTACGGGTTGGGCCGGAAATGTGTATATAACCATTAACCGTCGGGGTAGTTGATGGTTAGGCCCGTGTGAAAGTATAACTCTGTTACACCATTTTCAATCACTCACAAACAACTAAACTCGCACAATGCTACGATTCCTCACCATAACCCGATCGGGCCTTCGGAGCCGCCGGTGGATGTCCGTCATGAGCTTCGGCGATAACTCCCAGGGTGCACTCGGTCTCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012192
ATGCTACGATTCCTCACCATAACCCGATCGGGCCTTCGGAGCCGCCGGTGGATGTCCGTCATGAGCTTCGGCGATAACTCCCAGGGTGCACTCGGTCTCCACGACTTTCCCCTTGGGCTGGCCTCCGACGCCTACGACCCCACTCCTATACCGGGCCTGCCGCCCGACGTTTGCGCCGTCGCCGCCGGTCACTACCACTCTCTCGCCCTCACTTCTGAGGGCCACGTTTGGGCCTGGGGACGGAATACCGAATCACAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796084.1
MLRFLTITRSGLRSRRWMSVMSFGDNSQGALGLHDFPLGLASDAYDPTPIPGLPPDVCAVAAGHYHSLALTSEGHVWAWGRNTESQLGRGPFSPRETWNKPQKVEGLDKVMVRSAFASGVVSAAIGDDGALWVWGKSKRGQLGLGKDITEAVLPARVESLLGQEIVKVSLGWGHVLALTKHGKLFGWGYYADGRLGRMGRSLEASPLDSIAEKVKSSSENQNMMIEAAEKLVSEAMEKEKDMPIIWEPTLIEEVGDAEVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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