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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001987

染色体: Chr02 坐标: 35885164-35885796 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001987
名称SmilChr02G001987
描述uncharacterized SmilChr02G001987
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向35885164 - 35885796 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008380
GeneID131008380
locus_tag-
NCBI NameLOC131008380
原始查询SmilChr02G001987

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0225900
-
identity=29.3; qcov=0.633; evalue=1.92e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008380

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791247.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791247.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791247.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791247.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791247.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:35885190 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B129,B41,C10,C26
Chr2:35885190 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 4 B129,B41,C10,C26
Chr2:35885194 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 48 A1,A15,A2,A25,A5,B103,B11,B120,B125,B14,B27,B29,B3,B34,B47,B54,B55,B59,B69,B70,B78,B80,B81,B85,B93,B94,B95,C10,C2,C21,C23,C27,C45,C46,C48,C50,C53,C60,C62,C63,C69,C71,C74,C79,C81,C82,C85,D2
Chr2:35885195 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 4 B129,B41,C10,C26
Chr2:35885195 GA G 1bp_deletion CDS_variant 4 B129,B41,C10,C26
Chr2:35885196 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 25 A1,A11,A5,B100,B122,B135,B137,B3,B47,B55,B62,B74,B75,B76,B78,B81,B96,C2,C40,C46,C50,C7,C8,C85,D3
Chr2:35885219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C28
Chr2:35885231 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B121
Chr2:35885231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr2:35885266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,C40,C46,C7
Chr2:35885298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:35885334 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 30 A16,A20,A8,A9,B109,B111,B114,B119,B121,B131,B16,B21,B25,B28,B52,B65,B86,B93,B99,C2,C28,C33,C38,C43,C56,C63,C65,C75,C79,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935264.1
ATGAGTGGATTTTCAAATTGGTTTGATCCATATGGATCAAATTCTATGAAGCAAAATTCAAGTTCTCATTCACAAAATTCTAACGATCCTTCTCAAAATTTCGGCATTCACCCGACTTTTCCAAATTTCTCTTGGCCAAATATGTCTAATCCTCAAGTATATCCCAACAATTCCATTAGTCAATCAGCCCCTTCATTTCAATTTTCATCCCAAGGGCATCCGTCTCAGGGGTTTCAGCCATACGGATATCGCCCGCAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008380
ATGAGTGGATTTTCAAATTGGTTTGATCCATATGGATCAAATTCTATGAAGCAAAATTCAAGTTCTCATTCACAAAATTCTAACGATCCTTCTCAAAATTTCGGCATTCACCCGACTTTTCCAAATTTCTCTTGGCCAAATATGTCTAATCCTCAAGTATATCCCAACAATTCCATTAGTCAATCAGCCCCTTCATTTCAATTTTCATCCCAAGGGCATCCGTCTCAGGGGTTTCAGCCATACGGATATCGCCCGCAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791247.1
MSGFSNWFDPYGSNSMKQNSSSHSQNSNDPSQNFGIHPTFPNFSWPNMSNPQVYPNNSISQSAPSFQFSSQGHPSQGFQPYGYRPQWYPPPGFSPQGYPSQGYMFSESSRRTSVDGSCTDGGTPSSRRAIQGLENINLSIEPKSNDDEQNANKRRVFYSDAECEVLAQCWINITINSVVENDQKLEKIWKRIAEAYNKNRSTNTPRREPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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