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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001991

染色体: Chr02 坐标: 36006281-36008259 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001991
名称SmilChr02G001991
描述cytochrome b561 domain-containing protein At4g18260-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向36006281 - 36008259 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012204
GeneID131012204
locus_tag-
NCBI NameLOC131012204
原始查询SmilChr02G001991

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome b561 domain-containing protein At4g18260-like
产物cytochrome b561 domain-containing protein At4g18260-like
ArabidopsisAT4G18260 (AT4G18260)
Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827552]
identity=39.9; qcov=1.05; evalue=5.7e-65; confidence=medium
RiceOs05g0565100
-
identity=46.4; qcov=0.835; evalue=5.47e-65; confidence=high
GOGO:0140575 (transmembrane monodehydroascorbate reductase activity)
KEGG-
PfamPF03188 (Cytochrom_B561)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012204

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796093.1
2 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057796093.1
3 Endosome 内体 0.20000 XP_057796093.1
4 Endosome membrane 内体膜 0.20000 XP_057796093.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796093.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:36006803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,D4
Chr2:36007032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B57
Chr2:36007706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,B83,C29,C49,C6
Chr2:36007902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B50,C37,C86
Chr2:36007941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796093.1
248 aa
N
1
124
248
Cytochrom_B561
C
PF03188 Cytochrom_B561 52-177 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796093.1 Pfam PF03188 Cytochrom_B561 Family 52 177 8.7e-09 36.5 Eukaryotic cytochrome b561

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940110.1
TAGTGTGACAGCATAAACTTTTGCAGACCACTACAAAATCTCAAATTTCTAATCTTCCACCAATGCTAATTCTCAATTCTGACTAACAATCCATCTCCTAAATTCTACATTCATTTCCTTCCATTAAATCCAAAAAAATGGCCCCACCCCCCTTGAAATCTAATCAAATCTCCCCATTCCTCAAACATATATATTCATCTCTTATTATACACATAACAAAGCTATAAACTCCAATGCAATATATAGTGAGTCCTACACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012204
ATGCCCTCTTCTCAGAAGCTGGTGGCTCTTGCTCTACCTGTAGGCCTCAACATTCTAAATCTTCCGCCACCAGTCGCCTCGTTGCAAGAAGCTCCAACCATGGATTCTAGCAACAGATACAAGGTGACTCCCCAACTGTTATTCGAGATCAAACTCCATGGATTTCTCCTCTGGGCTTCAGTCGGCTTGCTGATGCCGGCTGCCATACTCGTAAAGAGAATGTCTAACAGAGAGGAATCTGGGAAAAGGCTCAGAATCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796093.1
MPSSQKLVALALPVGLNILNLPPPVASLQEAPTMDSSNRYKVTPQLLFEIKLHGFLLWASVGLLMPAAILVKRMSNREESGKRLRIIFYIHAITQVVSVLLATAAAVMSIKYFDNSFNNDHQRIGLAFYVIMWLQALAGICRPHRVSKSRNIWFVFHWLVGIVVSLLGVINIYTGLQAYHKRTLKNVRIWTILFTVQISLTLFLYLLQEKWHYIQKQGPILGNKPVQPTGDREMFPTCQQKETTSEHC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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