当前解析结果
SmilChr02G001991| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001991 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001991 |
| 描述 | cytochrome b561 domain-containing protein At4g18260-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 36006281 - 36008259 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012204 |
|---|---|
| GeneID | 131012204 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012204 |
| 原始查询 | SmilChr02G001991 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome b561 domain-containing protein At4g18260-like |
| 产物 | cytochrome b561 domain-containing protein At4g18260-like |
| Arabidopsis | AT4G18260 (AT4G18260)Cytochrome b561/ferric reductase transmembrane protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827552] identity=39.9; qcov=1.05; evalue=5.7e-65; confidence=medium |
| Rice | Os05g0565100- identity=46.4; qcov=0.835; evalue=5.47e-65; confidence=high |
| GO | GO:0140575 (transmembrane monodehydroascorbate reductase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03188 (Cytochrom_B561) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012204 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057796093.1 |
| 2 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.40000 | XP_057796093.1 |
| 3 | Endosome | 内体 | 0.20000 | XP_057796093.1 |
| 4 | Endosome membrane | 内体膜 | 0.20000 | XP_057796093.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796093.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:36006803 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B51,D4 |
Chr2:36007032 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B135,B57 |
Chr2:36007706 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B3,B83,C29,C49,C6 |
Chr2:36007902 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B50,C37,C86 |
Chr2:36007941 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B81 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796093.1PF03188
Cytochrom_B561 52-177 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796093.1 |
Pfam | PF03188 |
Cytochrom_B561 | Family | 52 | 177 | 8.7e-09 | 36.5 | Eukaryotic cytochrome b561 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。