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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001992

染色体: Chr02 坐标: 36008309-36009969 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001992
名称SmilChr02G001992
描述uncharacterized SmilChr02G001992
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向36008309 - 36009969 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012205
GeneID131012205
locus_tag-
NCBI NameLOC131012205
原始查询SmilChr02G001992

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述myosin-G heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818899]; symbol=AT2G42975; hit=AT2G42975; species=arabidopsis; confidence=high
产物myosin-G heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818899]; symbol=AT2G42975; hit=AT2G42975; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G42975 (AT2G42975)
myosin-G heavy chain-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818899]
identity=77.1; qcov=0.645; evalue=2.96e-57; confidence=high
RiceOs01g0666600
-
identity=54.8; qcov=0.738; evalue=5.93e-36; confidence=medium
GOGO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012205

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057796094.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057796094.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057796094.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796094.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796094.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:36008466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr2:36008508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C1,C59
Chr2:36008632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr2:36008670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,B37
Chr2:36008736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr2:36009637 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C79
Chr2:36009637 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C79
Chr2:36009652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940111.1
ATCCTGGCTAGATCATCTCAGAAAGAAAATTTAAAATCAAATTGCTGTTACAAAAGGCTGATTTGTTGCATTAGCTTACTGGCCCCCCAAAAAAATATTTTATGTGGATGAGCTTATTTGGACAACCGCCATTTAAATTGAGGTGGTGGTTAAATTTAACGAATTTGTTGCCACCTATGCTACAATGGAAGCAGAAGCCCATTTTCCACGTTCAAGAAAACCACAAACGAAGAATATTTTGGTATGGCGCTGAATCTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012205
ATGGCGCTGAATCTTGGAAGTGCTTCCACTGCTCTCCATCCAAGACTGTTAATTTCTTCGAAGATTTCGAGGCAGAAAATTGGGCTGAAGCTCCACGACACTCCGTCTCCCCCTTGTCTGAAGTCGGCGGCTGCTCTGTCTGAAGGAACTGAGAGCAAAGTTGCCGAGGAACAAGATCCACCTACTTATTCTGGGTCGTCCACTTCAGCTCGGATACAGATGGATCTCTTGGATCAACTCACATCTGGTGGCACCTCTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796094.1
MALNLGSASTALHPRLLISSKISRQKIGLKLHDTPSPPCLKSAAALSEGTESKVAEEQDPPTYSGSSTSARIQMDLLDQLTSGGTSSQGYESDGGPSIREQLANLVGDRDDDFTIPLGKNLKKVTAKFLTTSQKRNIRRQAYLNEVSRRNDSVFFATIGAFVILPPIVILGIAIATGYVQLFP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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