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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001998

染色体: Chr02 坐标: 36143542-36143981 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001998
名称SmilChr02G001998
描述uncharacterized SmilChr02G001998
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向36143542 - 36143981 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008381
GeneID131008381
locus_tag-
NCBI NameLOC131008381
原始查询SmilChr02G001998

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述microtubule-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828946]; symbol=AT4G28310; hit=AT4G28310; species=arabidopsis; confidence=low
产物microtubule-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828946]; symbol=AT4G28310; hit=AT4G28310; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G28310 (AT4G28310)
microtubule-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828946]
identity=31.1; qcov=1.14; evalue=3.5e-11; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008381

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057791248.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057791248.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791248.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791248.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:36143542 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 33 A21,B105,B107,B112,B18,B28,B31,B32,B36,B42,B43,B48,B55,B67,B76,B84,B88,B91,B93,C16,C18,C19,C26,C34,C40,C55,C64,C66,C70,C74,C77,D2,D7
Chr2:36143543 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 88 A10,A13,A14,A16,A18,A2,A21,A22,A7,B100,B106,B109,B11,B111,B113,B114,B117,B118,B119,B12,B122,B125,B126,B127,B131,B132,B136,B138,B139,B17,B19,B20,B21,B23,B24,B26,B28,B33,B34,B37,B4,B41,B46,B50,B53,B56,B58,B61,B64,B65,B71,B72,B74,B78,B80,B82,B87,B90,B92,B95,B96,C10,C12,C14,C22,C30,C31,C35,C37,C47,C5,C51,C53,C57,C58,C60,C61,C68,C7,C72,C76,C82,C85,C86,C87,D1,D4,D6
Chr2:36143551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B19,B43
Chr2:36143552 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:36143585 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B44,B48,B98,C84
Chr2:36143599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B131,C55,C75,C9
Chr2:36143602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr2:36143657 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 11 A10,A8,B124,B49,B52,B63,B79,B99,C21,C41,C61
Chr2:36143662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A19,B101,B126,B68
Chr2:36143665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B43,B93,C2,D10,D11
Chr2:36143679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,C6
Chr2:36143688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C79,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935265.1
ATGGTTGTGGCATTAGGTCCGGGGAAGTTCTACAGCAGCAGCCTGCAGCGGCCGCGCTTCTACACCAACGTGAAATTCAACAACGAGAGGATCTTCAAGAGATCCCCAATTCCGAATAAATCCGTCATAAAACTGGTCGTCTCTCGCCGCGAGGAGGATGAGATCCGAAGTGAGATCGACAAAACCCTCTCCCCGCCGCGCGCTCCGGTAGCGATTAAGCGGCGCCAGGTGGTAGGATTGCTGGACGAGGACGGGGAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008381
ATGGTTGTGGCATTAGGTCCGGGGAAGTTCTACAGCAGCAGCCTGCAGCGGCCGCGCTTCTACACCAACGTGAAATTCAACAACGAGAGGATCTTCAAGAGATCCCCAATTCCGAATAAATCCGTCATAAAACTGGTCGTCTCTCGCCGCGAGGAGGATGAGATCCGAAGTGAGATCGACAAAACCCTCTCCCCGCCGCGCGCTCCGGTAGCGATTAAGCGGCGCCAGGTGGTAGGATTGCTGGACGAGGACGGGGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791248.1
MVVALGPGKFYSSSLQRPRFYTNVKFNNERIFKRSPIPNKSVIKLVVSRREEDEIRSEIDKTLSPPRAPVAIKRRQVVGLLDEDGEDEVAAAKRGPVRKLGDDFERVARESGMASNAGGESGGAAAAARTRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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