当前解析结果
SmilChr02G002008| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002008 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002008 |
| 描述 | protein TIC 100 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 36216486 - 36222426 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012219 |
|---|---|
| GeneID | 131012219 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012219 |
| 原始查询 | SmilChr02G002008 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein TIC 100 |
| 产物 | protein TIC 100 |
| Arabidopsis | AT5G22640 (emb1211)MORN (Membrane Occupation and Recognition Nexus) repeat-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832327] identity=59.1; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high |
| Rice | -- |
| GO | GO:0005829 (cytosol) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02493 (MORN) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012219 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057796109.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057796109.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057796109.1 |
| 4 | Cell projection | 细胞突起 | 0.40000 | XP_057796109.1 |
| 5 | Cilium | 纤毛 | 0.40000 | XP_057796109.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:36216696 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr2:36216752 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C24,C50 |
Chr2:36216853 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B35 |
Chr2:36216853 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr2:36217163 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B32 |
Chr2:36217166 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:36217223 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C28,C70 |
Chr2:36217684 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:36217758 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C10 |
Chr2:36218131 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C28 |
Chr2:36218152 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C28 |
Chr2:36218441 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796109.1PF02493
MORN 208-224 aa
PF02493
MORN 232-246 aa
PF02493
MORN 326-341 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796109.1 |
Pfam | PF02493 |
MORN | Repeat | 208 | 224 | 9.8e-12 | 44.8 | MORN repeat |
XP_057796109.1 |
Pfam | PF02493 |
MORN | Repeat | 232 | 246 | 9.8e-12 | 44.8 | MORN repeat |
XP_057796109.1 |
Pfam | PF02493 |
MORN | Repeat | 326 | 341 | 9.8e-12 | 44.8 | MORN repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。