当前解析结果
SmilChr02G002010| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002010 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002010 |
| 描述 | major pollen allergen Ole e 10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 36236379 - 36237725 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012222 |
|---|---|
| GeneID | 131012222 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012222 |
| 原始查询 | SmilChr02G002010 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | major pollen allergen Ole e 10-like |
| 产物 | major pollen allergen Ole e 10-like |
| Arabidopsis | AT2G30933 (AT2G30933)Carbohydrate-binding X8 domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767975] identity=50.5; qcov=0.864; evalue=2.89e-49; confidence=medium |
| Rice | Os05g0581900- identity=50.6; qcov=0.791; evalue=1.3e-46; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07983 (X8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012222 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057796117.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057796117.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796117.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796117.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796117.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:36236784 |
CCT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A10,B123,B138,B18,B39,B43,B64,B77,B83,B86,C84 |
Chr2:36236980 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B87 |
Chr2:36236992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,A19,B68,C43 |
Chr2:36237010 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C24,C50 |
Chr2:36237088 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr2:36237096 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B50,B82,C86 |
Chr2:36237375 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr2:36237448 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796117.1PF07983
X8 80-150 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796117.1 |
Pfam | PF07983 |
X8 | Domain | 80 | 150 | 2.9e-20 | 73.4 | X8 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。