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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002037

染色体: Chr02 坐标: 36666048-36673497 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002037
名称SmilChr02G002037
描述mitochondrial outer membrane import complex protein METAXIN-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向36666048 - 36673497 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012233
GeneID131012233
locus_tag-
NCBI NameLOC131012233
原始查询SmilChr02G002037

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial outer membrane import complex protein METAXIN-like
产物mitochondrial outer membrane import complex protein METAXIN-like
ArabidopsisAT2G19080 (AT2G19080)
metaxin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816425]
identity=60.1; qcov=0.968; evalue=5.61e-96; confidence=high
RiceOs06g0168000
-
identity=55; qcov=0.918; evalue=4.16e-77; confidence=high
GOGO:0001401 (SAM complex); GO:0007005 (mitochondrion organization)
KEGG-
PfamPF17171 (GST_C_6); PF17172 (GST_N_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012233

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057796132.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.60000 XP_057796132.1
3 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.60000 XP_057796132.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057796130.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.40000 XP_057796132.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:36668550 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B36
Chr2:36668550 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B36
Chr2:36668574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr2:36668607 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 D1
Chr2:36668607 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 D1
Chr2:36668623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B17,B20
Chr2:36670053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr2:36670086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C37
Chr2:36670095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B65,B98,C48,C78
Chr2:36670286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B124,B2,C78
Chr2:36670324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B25,B39,B97,C13
Chr2:36670780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B98,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796130.1
326 aa
N
1
163
326
GST_N_4
GST_C_6
C
PF17172 GST_N_4 27-121 aa PF17171 GST_C_6 174-233 aa
XP_057796131.1
326 aa
N
1
163
326
GST_N_4
GST_C_6
C
PF17172 GST_N_4 27-121 aa PF17171 GST_C_6 174-233 aa
XP_057796132.1
220 aa
N
1
110
220
GST_N_4
GST_C_6
C
PF17172 GST_N_4 27-121 aa PF17171 GST_C_6 174-211 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796130.1 Pfam PF17172 GST_N_4 Domain 27 121 1.3e-18 68.2 Glutathione S-transferase N-terminal domain
XP_057796130.1 Pfam PF17171 GST_C_6 Domain 174 233 4.2e-16 59.2 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
XP_057796131.1 Pfam PF17172 GST_N_4 Domain 27 121 1.3e-18 68.2 Glutathione S-transferase N-terminal domain
XP_057796131.1 Pfam PF17171 GST_C_6 Domain 174 233 4.2e-16 59.2 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
XP_057796132.1 Pfam PF17172 GST_N_4 Domain 27 121 6.2e-19 69.2 Glutathione S-transferase N-terminal domain
XP_057796132.1 Pfam PF17171 GST_C_6 Domain 174 211 5.6e-10 39.5 Glutathione S-transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940147.1
TATCATTTGATTTTAGTGTTTAGATGCAAACACATAGGCGCCGCTAGACGCCCTAGAATCTTCTCAAGTCACCTAATTCCCCTGCTCCCTGGTTCCCCTTCTCCCTCGTCTCATCTTCAATTCCAGGCGCCTGGAGATACAACAGCAGATTGAAGAAAAATTACCTTCTCCATCGCTATATCTTCCCCTTCTCCTTAAATCTGTAGATCTTCTCAAATCACACTTAATTTCCTTGCTCTCTTCTGCATCTTCCCCTTCTC...
XM_057940149.1
TTTTAGTGTTTAGATGCAAACACATAGGCGCCGCTAGACGCCCTAGAATCTTCTCAAGTCACCTAATTCCCCTGCTCCCTGGTTCCCCTTCTCCCTCGTCTCATCTTCAATTCCAGGCGCCTGGAGATACAACAGCAGATTGAAGAAAAATTACCTTCTCCATCGCTATATCTTCCCCTTCTCCTTAAATCTGTAGATCTTCTCAAATCACACTTAATTTCCTTGCTCTCTTCTGCATCTTCCCCTTCTCCCTCGTCTGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131012233
ATGGAAGATGGGAGAGGCCAAAGAGAGGCGCTGACACTTGTGGCAAGAAAGCCCAGTTTCTCGCTGCCCACCGCTTGCCCCAACTGTCTGCCTGCTTACATTTATCTTAAATTTGCCAACATCCCTTTCACTTTGGAATTCAATCTCATCCATCCTGATTCTGATCAGATACCCTTTGTTGAGTCTGGTGATTATGTTGCTTATAACAATGAGAACGGTGGGGTCCTTCAGAAATTAAAGGAAGATGACATTGTTGACTT...
LOC131012233
ATGGAAGATGGGAGAGGCCAAAGAGAGGCGCTGACACTTGTGGCAAGAAAGCCCAGTTTCTCGCTGCCCACCGCTTGCCCCAACTGTCTGCCTGCTTACATTTATCTTAAATTTGCCAACATCCCTTTCACTTTGGAATTCAATCTCATCCATCCTGATTCTGATCAGATACCCTTTGTTGAGTCTGGTGATTATGTTGCTTATAACAATGAGAACGGTGGGGTCCTTCAGAAATTAAAGGAAGATGACATTGTTGACTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057796130.1
MEDGRGQREALTLVARKPSFSLPTACPNCLPAYIYLKFANIPFTLEFNLIHPDSDQIPFVESGDYVAYNNENGGVLQKLKEDDIVDLDAEVSGIPEWVSFKVMVESWLADAVLYELWVGSDGKSAHKIYYSDLPWPIGNILYYKQVYAVKQLLGITSENAERREEEIYRRATVAYSALSARLREQTFFFEDRPTSLDAVFLGHALFTLLALPETSVLRSKLLGHANLVKYAENLKLEYIDASSSSSSVPQSDPSSSASKR...
XP_057796131.1
MEDGRGQREALTLVARKPSFSLPTACPNCLPAYIYLKFANIPFTLEFNLIHPDSDQIPFVESGDYVAYNNENGGVLQKLKEDDIVDLDAEVSGIPEWVSFKVMVESWLADAVLYELWVGSDGKSAHKIYYSDLPWPIGNILYYKQVYAVKQLLGITSENAERREEEIYRRATVAYSALSARLREQTFFFEDRPTSLDAVFLGHALFTLLALPETSVLRSKLLGHANLVKYAENLKLEYIDASSSSSSVPQSDPSSSASKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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