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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002059

染色体: Chr02 坐标: 37069329-37072610 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002059
名称SmilChr02G002059
描述uncharacterized SmilChr02G002059
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向37069329 - 37072610 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012256
GeneID131012256
locus_tag-
NCBI NameLOC131012256
原始查询SmilChr02G002059

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012256

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057796144.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057796144.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057796144.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796144.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796144.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:37071174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B114,B55
Chr2:37071189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr2:37071192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr2:37071201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:37071203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B135,D5
Chr2:37071259 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 11 A23,A7,B105,B61,B7,B74,B86,C17,C5,C53,C84
Chr2:37071260 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 11 A23,A7,B105,B61,B7,B74,B86,C17,C5,C53,C84
Chr2:37071263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B55
Chr2:37071274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24
Chr2:37071319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B23
Chr2:37071369 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 18 A8,B117,B42,B43,B48,B57,B63,B78,B97,C13,C20,C23,C24,C27,C44,C65,C80,C86
Chr2:37071389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940161.1
ACGAAACTATTAATCAAGAAGAAATGTTTGCACCAGAGGGCAGAACATCACGAGAACACAAGCAAAACGAAGAACTAAGAGCATAAGAAGCTAATTTGTCGGCCATGGAGTTCCCTTCTCGAGGCGTCCAGCTGAAGGCAAAGCATTGAAACATCCCTTTCATATCTTGAATCTTTTTCAAGGTATCACCCAGGTAGGACAGATCACTATCATTTCGAGCAAGCATCCAGTAAAGTTGTTGGCAATCAGTTTCAGCTATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012256
ATGATGGCTACTGCTGAACAAGTTCGTGCTCTGCTGGAGCAGCTGCAACATTTATTGGAAGATCAGAAAAAGCTAGAGGAGCAGAAGCAACCTGCGATTGATGAGGCATTCGTTCCTCAATATGAGTATCAAGATCCTCCTAAAGTTAATGCGAATAATTTTGAGTTGAAAACTGGGCTAATCATGATGGTGCAACAGAACCAGTATGAAGGCAATGCTGTGGAAGATCCTAATGCGCGTCTGGCGCAGTTTCTGGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796144.1
MMATAEQVRALLEQLQHLLEDQKKLEEQKQPAIDEAFVPQYEYQDPPKVNANNFELKTGLIMMVQQNQYEGNAVEDPNARLAQFLELCSTIKINGVSDDIIRLRLFPFSLRDKAKSWYHTLQLGATPRYEDVAHLFLCKFHPLGLALKLKMDIVQFQQFEGETLTEI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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