当前解析结果
SmilChr02G002079| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002079 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002079 |
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 37372666 - 37374318 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012273 |
|---|---|
| GeneID | 131012273 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012273 |
| 原始查询 | SmilChr02G002079 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1 |
| 产物 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-1 |
| Arabidopsis | AT4G27300 (AT4G27300)S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828838] identity=64; qcov=1.01; evalue=8.28e-62; confidence=high |
| Rice | Os01g0784200- identity=65.3; qcov=0.993; evalue=2.77e-63; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012273 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057796172.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057796172.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057796172.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796172.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796172.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:37373563 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,D4 |
Chr2:37373687 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B102,B18,C70 |
Chr2:37373696 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B51,B73 |
Chr2:37373721 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 112 | A10,A11,A15,A18,A19,A4,A8,B10,B100,B102,B103,B104,B106,B109,B11,B114,B117,B118,B119,B120,B123,B13,B131,B132,B133,B134,B136,B139,B18,B19,B24,B25,B26,B27,B3,B34,B36,B38,B39,B4,B41,B47,B48,B49,B5,B57,B58,B59,B6,B62,B63,B64,B66,B67,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B78,B83,B88,B93,B95,B97,C10,C11,C13,C14,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C26,C3,C32,C35,C37,C38,C40,C42,C46,C47,C5,C51,C57,C59,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C76,C77,C82,C86,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D7,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796172.1PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 5-150 aa
PF00069
Pkinase 7-151 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796172.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 5 | 150 | 1.3e-29 | 104.0 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
XP_057796172.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 7 | 151 | 1.2e-26 | 94.4 | Protein kinase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。