Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002087

染色体: Chr02 坐标: 37456273-37458321 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002087
名称SmilChr02G002087
描述protein SYM1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向37456273 - 37458321 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012282
GeneID131012282
locus_tag-
NCBI NameLOC131012282
原始查询SmilChr02G002087

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SYM1-like
产物protein SYM1-like
ArabidopsisAT2G42770 (AT2G42770)
Peroxisomal membrane 22 kDa (Mpv17/PMP22) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818877]
identity=64.8; qcov=0.944; evalue=1.15e-86; confidence=high
RiceOs01g0730800
-
identity=64.8; qcov=0.85; evalue=8.66e-81; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0016020 (membrane)
KEGGsmil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04117 (Mpv17_PMP22)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012282

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057796187.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057796187.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057796187.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057796187.1
5 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057796187.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:37457253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:37457297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:37457303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:37457304 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B32
Chr2:37457304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:37457309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr2:37457539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:37457573 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr2:37457573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:37457626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796187.1
214 aa
N
1
107
214
Mpv17_PMP22
C
PF04117 Mpv17_PMP22 155-209 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796187.1 Pfam PF04117 Mpv17_PMP22 Family 155 209 1.1e-16 61.4 Mpv17 / PMP22 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940204.1
GGTCCATACCCAACTCTCTAATAAATGAAAAGACAGAAAAAAACTCATGAAATTAGTGTTTGAGGGCATAGAGTTGCTAAGGACGTAGGGCAACATTAAACAAAGAACAACAGTAGTCATAACTCATACGACCAATATCGAACTCTTTCTATTTTCCTCAATTTATTTAAATTAAATGTTCAATAATCGTTTGTTTTTGTGGCAGAAAAAATAGCTTGTCCTGGGCCGACCAGTTTCGACTTTTCAATACTCTTCTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012282
ATGAGGTCTTTGGGAAATGGCGGCATATGGGGAATGCGCTCATTTCACGATAACTTTCGGCGGCGGAGAAATATCAAAAGAGAATCGAAGCCCTCCAATTCAATAGACTCCGCCGGTGGAGGCGGCGGTTACCAGTTCCCCCTCCAGCAGGCCGCCACCAGCGCCGCCCTTTGCTTGACCGGAGACACCATTGCCCAGCTCCGCCACCGTTGGGTCAGAAATAAGGAAAGCCTTGTCAAGGATATCATCTCTGAACACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796187.1
MRSLGNGGIWGMRSFHDNFRRRRNIKRESKPSNSIDSAGGGGGYQFPLQQAATSAALCLTGDTIAQLRHRWVRNKESLVKDIISEHDYIRALRMCSYGFLLYGPGSYAWYQLLDHFMPHKNFQNLTAKVVLNLIVLCPTVIAVIFAWNNLWLGKLSELPHKYKNDLLPTLLIGFQFWIPVSILNFWAVPLQARVAFMSMSSIFWNFYLSSTMSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器