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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002119

染色体: Chr02 坐标: 37953812-37955934 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002119
名称SmilChr02G002119
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 28
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向37953812 - 37955934 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012326
GeneID131012326
locus_tag-
NCBI NameLOC131012326
原始查询SmilChr02G002119

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 28
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 28
ArabidopsisAT1G06330 (AT1G06330)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837144]
identity=59.3; qcov=1.08; evalue=4.35e-56; confidence=high
RiceOs01g0758000
-
identity=49.7; qcov=1.1; evalue=8.76e-42; confidence=medium
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00403 (HMA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012326

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057796250.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057796250.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057796250.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057796250.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796250.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:37954452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:37955465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,C37,D4
Chr2:37955570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:37955599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A13,B117,C27,C83
Chr2:37955608 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C52
Chr2:37955608 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 C52
Chr2:37955611 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C52
Chr2:37955611 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C52
Chr2:37955617 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B108,C12,C23,C57
Chr2:37955680 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 4 A5,B24,C78,D5
Chr2:37955680 C CTA 2bp_insertion CDS_variant 4 A5,B24,C78,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796250.1
139 aa
N
1
70
139
HMA
C
PF00403 HMA 7-61 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796250.1 Pfam PF00403 HMA Domain 7 61 9.4e-12 45.8 Heavy-metal-associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940267.1
ACACATGAATAGAGGGAAATAGATCAAGAAACTTGTTTGATTTGTTTCATATATACTAATTAACGTAAGTCTATCTTCAAAGTTGTGAGTGATTACTTGTTGCCAACGAACAAGGAATTCATCAAGATTCAAGATCTTACCAAGATGACGACCACGGAAATGCGTGTGCACATGTGTTGCGCCGGATGTGAGAGCAAGATCAAGAAAGCCCTCCACAAGGTCAAAGGAGTGGACGAAGTAGACATAGACATGGGCCTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012326
ATGACGACCACGGAAATGCGTGTGCACATGTGTTGCGCCGGATGTGAGAGCAAGATCAAGAAAGCCCTCCACAAGGTCAAAGGAGTGGACGAAGTAGACATAGACATGGGCCTGCAGAAGGTGACGGCAACCGGGTGGGCCGATCAAAAGAAAGTCCTAAAAAGCGTCAGGAAAACCGGAAGAAGAGCCGAGCTGTGGCAATTTCCGTACAATCCAGAGATGCGAAACCACAATGTTACCGGTCACCACGACCACAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796250.1
MTTTEMRVHMCCAGCESKIKKALHKVKGVDEVDIDMGLQKVTATGWADQKKVLKSVRKTGRRAELWQFPYNPEMRNHNVTGHHDHNQQNYGGPTPGSSYNYYKHGYDHHAYTYAGSSTIFGTRTGDTFSDENPRACSIM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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