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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002124

染色体: Chr02 坐标: 38013258-38015255 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002124
名称SmilChr02G002124
描述embryonic protein DC-8
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向38013258 - 38015255 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012310
GeneID131012310
locus_tag-
NCBI NameLOC131012310
原始查询SmilChr02G002124

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述embryonic protein DC-8
产物embryonic protein DC-8
ArabidopsisAT2G42560 (AT2G42560)
late embryosis abundant domain-containing protein / LEA domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818856]
identity=33.9; qcov=1.16; evalue=2.24e-47; confidence=low
RiceOs03g0322900 (LEA17)
-
identity=36.1; qcov=0.268; evalue=6.12e-09; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012310

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057796223.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057796223.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796223.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796223.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796223.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:38013359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B108,C12,C23,C57
Chr2:38013478 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B129,B91,C58
Chr2:38013481 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:38013571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,C37,D4
Chr2:38013620 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,C47,C48,C5
Chr2:38013791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:38013830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B63,B83,C8
Chr2:38013899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,A9,B89,C35,D1
Chr2:38014048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:38014094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B30,B35,C37,D4
Chr2:38014194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B54
Chr2:38014229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940240.1
TCAATTCAAGAAATATTTAGTGTTTGGAATTAAAGAGAATGGCGTCGGAGCAGGCGAGGAGAGAGAGTGCGAGGGAGGAGCGTAAGGTGGAGGTAGAGAGAGACCGAGTTCCGAAGATGGCAACTCATTTCGAGTCGCTGGTTGATAAGGCTAGAGACGAGCAGCAGCCTCATCATGGAGAGACAACCATTCATATCGAGGCCGTTCCAGTGAGAGTCGCCGGGATCTCCATTTCCAGCCCCATGGATGCGGAGCCGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012310
ATGGCGTCGGAGCAGGCGAGGAGAGAGAGTGCGAGGGAGGAGCGTAAGGTGGAGGTAGAGAGAGACCGAGTTCCGAAGATGGCAACTCATTTCGAGTCGCTGGTTGATAAGGCTAGAGACGAGCAGCAGCCTCATCATGGAGAGACAACCATTCATATCGAGGCCGTTCCAGTGAGAGTCGCCGGGATCTCCATTTCCAGCCCCATGGATGCGGAGCCGCGCCAGCCCTCCTTAGAGGAGGTTTCTAGAATGAGGGGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796223.1
MASEQARRESAREERKVEVERDRVPKMATHFESLVDKARDEQQPHHGETTIHIEAVPVRVAGISISSPMDAEPRQPSLEEVSRMRGVAQQNSAEAIRAAEERYDKAKSGAAGGMQAMAEKGRQAADKTTEVKDTTAKKGQQAQGYTAEKAADVRDVLSSRGGALKDTVVEKSQQAKDYAAQKAAEAKDVISTKGQSASQLAAEKAKAAKDVTVDTTLTAAQYTGQKAAAVKDTTVDKAKTAAQYAAEKATAAKDMTVDTT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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