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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002128`

染色体: Chr02 坐标: 38127303-38132021 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002128`
名称	SmilChr02G002128
描述	putative E3 ubiquitin-protein ligase RING1a
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	38127303 - 38132021 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012317`
GeneID	`131012317`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012317`
原始查询	`SmilChr02G002128`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative E3 ubiquitin-protein ligase RING1a
产物	putative E3 ubiquitin-protein ligase RING1a
Arabidopsis	`AT5G44280` (RING1A) RING 1A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834451] identity=61.5; qcov=0.355; evalue=1.13e-49; confidence=low
Rice	`Os01g0796700` - identity=58.2; qcov=0.385; evalue=1.7e-46; confidence=low
GO	-
KEGG	smil03083 (Polycomb repressive complex - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012317

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796241.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057796241.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796241.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796241.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796241.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:38128922`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	33	A10,A16,A21,A23,A25,B100,B104,B113,B118,B128,B136,B23,B28,B41,B50,B61,B64,B67,B78,B81,B95,C17,C18,C27,C29,C30,C33,C43,C44,C47,C51,C74,D4
`Chr2:38128935`	`AG`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A9,B101,B37,B71,C62
`Chr2:38129234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B63,B83,C8
`Chr2:38129337`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B21,B52,B71,C62
`Chr2:38129400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,B78
`Chr2:38129809`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,C76,D1,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796241.1

366 aa

183

366

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF13923 zf-C3HC4_2 80-120 aa PF13639 zf-RING_2 80-121 aa PF00097 zf-C3HC4 81-120 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796241.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	80	120	1.4e-11	44.7	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057796241.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	80	121	4.6e-08	33.9	Ring finger domain
`XP_057796241.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	81	120	6.2e-10	39.5	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940258.1
ACACGAGATACTCAACGAGGAGTCGTAACTGAACATCGTAGAAGAAAATTTCGGAAAAAGAAAAAAGGAAAAAATAGTCTGTCTGTATATTAAAGTGGTGTAGACGATGCTATTTCAAATTATACTGCACGTATACAAAAGTTGAAACGGAGCAGGAATTTCTCGTGTGAATCCATCCCAAAACCAGCACCATAAATTTGGTCCTCACATCAGAACTCACAAAATCAATGCCAGCGCAGAATCGCGATGACTCCCGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012317
ATGCCAGCGCAGAATCGCGATGACTCCCGCCGCGGCCGCCGCCGCAAGCGCCCGCCTACTCGGTTTTCTGGTGGTGGTGCTCCGCCGCCTCCACCTCATCAAGAACATCAACATGCTCCGCCGCAACAACAAATTCAAGAAACCCCAGCAGTTATGGATTCCGACGACAGTGGCACTGACCCTGAAGAATTTGATGAAGTTATTACGGTATCACTTTCTGAACTTCGCAGCAATGTGCAATGCCCAATTTGTTTAGGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796241.1
MPAQNRDDSRRGRRRKRPPTRFSGGGAPPPPPHQEHQHAPPQQQIQETPAVMDSDDSGTDPEEFDEVITVSLSELRSNVQCPICLGIVKKTRTVMGCLHRFCRECIDKSMRLGNKECPACRMHCPSRRSLRDDNVFDSFIRSVFPDVEKYEQEELVLYEEEKAVNEQLQASMNECFQRQAEASRARKGKASASRMDQMCRKSGLRLEFGESSNAPAVFKIKDDDDHQPIYAIPTPCIVGDEQDAEAEADTDLPAWGGAGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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