当前解析结果
SmilChr02G002129| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002129 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002129 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002129 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 38142935 - 38143879 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008410 |
|---|---|
| GeneID | 131008410 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008410 |
| 原始查询 | SmilChr02G002129 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os12g0292200- identity=33.7; qcov=0.293; evalue=2.21e-10; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008410 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057791275.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057791275.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057791275.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791275.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791275.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:38142939 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B112,B79,C80 |
Chr2:38142943 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 68 | A15,A16,A21,A25,A6,A9,B100,B102,B109,B113,B118,B121,B124,B128,B135,B136,B140,B15,B2,B23,B28,B35,B41,B42,B43,B50,B56,B61,B64,B68,B72,B76,B78,B80,B81,B83,B84,B89,B93,B95,B96,C17,C18,C27,C29,C30,C33,C43,C44,C47,C48,C5,C50,C51,C55,C6,C61,C74,C76,C78,C79,C80,C85,C87,D1,D11,D4,D9 |
Chr2:38142949 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B50,C48,C87 |
Chr2:38142951 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C80 |
Chr2:38142955 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B15,B56,B64,B96 |
Chr2:38142987 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B127,D11 |
Chr2:38142989 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C80 |
Chr2:38143007 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B112,B34,B99,D6 |
Chr2:38143009 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | A21,A25,B104,B113,B28,C53,C74 |
Chr2:38143033 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B15,B56,B64,B96 |
Chr2:38143048 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B80,C61 |
Chr2:38143059 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A23,B62,B7,B95,C38 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。