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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002146

染色体: Chr02 坐标: 38595015-38605241 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002146
名称SmilChr02G002146
描述8-hydroxyquercetin 8-O-methyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向38595015 - 38605241 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008416
GeneID131008416
locus_tag-
NCBI NameLOC131008416
原始查询SmilChr02G002146

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述8-hydroxyquercetin 8-O-methyltransferase-like
产物8-hydroxyquercetin 8-O-methyltransferase-like
ArabidopsisAT4G35160 (AT4G35160)
O-methyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829668]
identity=28.4; qcov=0.994; evalue=7.18e-14; confidence=low
RiceOs01g0753300
-
identity=34.2; qcov=1.04; evalue=5.55e-29; confidence=low
GOGO:0008171 (O-methyltransferase activity); GO:0008757 (S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity); GO:0019438 (GO:0019438); GO:0032259 (methylation); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF08100 (Dimerisation)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008416

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791281.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791281.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791281.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791281.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791281.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:38604663 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B43
Chr2:38604663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr2:38604769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:38604812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr2:38604853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:38604873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B56,B64
Chr2:38604892 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:38605087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791281.1
177 aa
N
1
88
177
Dimerisation
C
PF08100 Dimerisation 21-108 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791281.1 Pfam PF08100 Dimerisation Domain 21 108 1.8e-20 73.4 O-methyltransferase dimerisation domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935298.1
GTGGTTCGGCTATAATAGAGAGAGTTCGTTTATCAACAACACAATGGCAAAACTTCACAAGTATCAACAACACTAACACTCCAACAATGGCGTTTCCTAATGCAGTAGATTCGACCCAAGAATTTCTGGATGCTCAAAGCCATGTTTGGAATCTCACTTTCAACTACATAAATTCCATGTCTCTAAAGTCCGCTCTTCAATTAGGCATACCCGATATCATTCACAAACACGGCAAGCCTATCACACTTTCTCAGCTGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008416
ATGGCGTTTCCTAATGCAGTAGATTCGACCCAAGAATTTCTGGATGCTCAAAGCCATGTTTGGAATCTCACTTTCAACTACATAAATTCCATGTCTCTAAAGTCCGCTCTTCAATTAGGCATACCCGATATCATTCACAAACACGGCAAGCCTATCACACTTTCTCAGCTGGCCGACGCCCTCTCCATCAACAATGCCAAATCCCACGGCCTCTACCGCCTCATGCGATTTCTAGTCCATTCCAGAATCTTCGACAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791281.1
MAFPNAVDSTQEFLDAQSHVWNLTFNYINSMSLKSALQLGIPDIIHKHGKPITLSQLADALSINNAKSHGLYRLMRFLVHSRIFDKVNISDDEEEAYSLTTTLRLLLRDEPLSFAPFALAMTDPIIVDPFHNVMEWFKDESPSPFVTRNEMNFWENAKKDKNFNQVFNKGIVHSMSF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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