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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002148

染色体: Chr02 坐标: 38623208-38624912 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002148
名称SmilChr02G002148
描述8-hydroxyquercetin 8-O-methyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向38623208 - 38624912 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012339
GeneID131012339
locus_tag-
NCBI NameLOC131012339
原始查询SmilChr02G002148

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述8-hydroxyquercetin 8-O-methyltransferase-like
产物8-hydroxyquercetin 8-O-methyltransferase-like
ArabidopsisAT4G35160 (AT4G35160)
O-methyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829668]
identity=37.6; qcov=1.02; evalue=1.59e-64; confidence=medium
RiceOs08g0290700
-
identity=41.7; qcov=1.01; evalue=3.66e-96; confidence=medium
GOGO:0008171 (O-methyltransferase activity); GO:0008757 (S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity); GO:0019438 (GO:0019438); GO:0032259 (methylation); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF00891 (Methyltransf_2); PF08100 (Dimerisation)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012339

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057796255.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057796255.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057796255.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796255.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796255.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:38623372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C22,C69,C71
Chr2:38623425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:38623441 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 1 A3
Chr2:38623441 G GCT 2bp_insertion CDS_variant 1 A3
Chr2:38623476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr2:38623480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B135,C42
Chr2:38623655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B108
Chr2:38624037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:38624065 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,C67
Chr2:38624075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr2:38624111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B74,C46,C67
Chr2:38624256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796255.1
358 aa
N
1
179
358
Dimerisation
Methyltransf_2
C
PF08100 Dimerisation 21-108 aa PF00891 Methyltransf_2 130-340 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796255.1 Pfam PF08100 Dimerisation Domain 21 108 1e-20 74.2 O-methyltransferase dimerisation domain
XP_057796255.1 Pfam PF00891 Methyltransf_2 Domain 130 340 2.6e-52 178.0 O-methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940272.1
AGATTGGATCAAGATTGGTGTAAGAAAATCTTTAAAATTGAGTCAAGGTTGGCGAGCGGATGTTACATGACATATTCAATGACAAGTGACAATCTGCCCATATTTCATTAAAAAATTATATAAAATGTAACTATATTGTGGAATATCTTGATCCGCCCACAATGGCAAAACTTCACAAGTATCAACAACACTAACACTCCAACAATGGCGTTTCCTAATGCAGTAGATTCCACCCAAGAATTTCTGGATGCTCAAACCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012339
ATGGCGTTTCCTAATGCAGTAGATTCCACCCAAGAATTTCTGGATGCTCAAACCCATGTTTGGAATCTCACTTTCAACTACATAAATTCCATGTCTCTAAAGTCCGCTCTTCTATTAGGCATACCCGATATCATTCACAAACACGGCAAGCCTATCACACTTTCTCAGCTGGCCGACGCCCTCTCCATCAACAATGCCAAATCCCACGGCCTCTACCGCCTCATGCGATTTCTAGTCCATTCCAGAATCTTCGACAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796255.1
MAFPNAVDSTQEFLDAQTHVWNLTFNYINSMSLKSALLLGIPDIIHKHGKPITLSQLADALSINNAKSHGLYRLMRFLVHSRIFDKVNISDDEEEAYSLTTTSRLLLRDEPLSFAPFALAMTDPIIVDPFHNVMEWFKDESPSPFVTRNGMNFWENANKDKNFNQVFNKGMASDARFVGSILVDKCKHVFEGLKTVVDVGGGTGTVAKIVADAFSGLKCVVLELPHVVAGLEGSENLSFVSGDMFDSIPSADAVFLKWIF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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