Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002149`

染色体: Chr02 坐标: 38671702-38672587 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002149`
名称	SmilChr02G002149
描述	RNA polymerase sigma factor sigD, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	38671702 - 38672587 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012341`
GeneID	`131012341`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012341`
原始查询	`SmilChr02G002149`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase sigma factor sigD, chloroplastic-like
产物	RNA polymerase sigma factor sigD%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G13730` (SIG4) sigma factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831218] identity=51.3; qcov=0.975; evalue=1.26e-33; confidence=medium
Rice	`Os11g0448400` (OsSIG2A) - identity=30.4; qcov=0.918; evalue=5.16e-11; confidence=low
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006352 (DNA-templated transcription initiation); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF04545 (Sigma70_r4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012341

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796256.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057796256.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796256.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796256.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796256.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:38672057`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C22
`Chr2:38672151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:38672253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C22
`Chr2:38672276`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A3,B20
`Chr2:38672276`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A3,B20
`Chr2:38672300`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr2:38672312`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A9,B140,B2,B80,C47,C48,C5,C61,C62
`Chr2:38672365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B2,D7
`Chr2:38672429`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B109,B65
`Chr2:38672429`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B109,B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796256.1

122 aa

122

Sigma70_r4

PF04545 Sigma70_r4 63-114 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796256.1`	Pfam	`PF04545`	Sigma70_r4	Domain	63	114	2.2e-10	40.6	Sigma-70, region 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940273.1
AGTTCAAATAACCCATCTATCAGACGGAGAAAAAAAACGACGTCTGCAAAATTGATTTTTCTCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTATAAATTTCAATAGGTCTCACTCTTCTAAATAATCAACATTTCATCGATAAAGCAACAACAGACTCTTGTTCCTCTTTCATCTCTCTTCTTTCTCTTTCTGAAATCGATGCTTAATTCTTCATAAATTGAGGATCATAATTAGTGAATACATGGCTAGCTTTTCATGTACAGGGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012341
ATGGAGGTGAACGCCGAAGCTGTGAGGCTTGCTATCGAGAGAAACAGAGCTTCAATTTCTCTGGATCAAGCCATGACCAGCCATGGATACATGTCGCTGCAGGATATAATAGTGGGACCGGAAGAGTTGAATCCGGAAGCGATGATGAAGAAGGAGATGGTGAGAGAAGAGATAGGGAAGCTTGTAGAGGCGTTGGGGGAGAGAGAGGTGCACATCCTGAGGCTGTACTACGGGTTGGGTGGGGAGTCGGTGTGGTCGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796256.1
MEVNAEAVRLAIERNRASISLDQAMTSHGYMSLQDIIVGPEELNPEAMMKKEMVREEIGKLVEALGEREVHILRLYYGLGGESVWSFEEIRRLLKLSRERVRQINFAALAKLRQEDHLNYFI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器