Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002155`

染色体: Chr02 坐标: 38775008-38775617 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002155`
名称	SmilChr02G002155
描述	ribosomal protein S12, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	38775008 - 38775617 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012347`
GeneID	`131012347`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012347`
原始查询	`SmilChr02G002155`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ribosomal protein S12, mitochondrial
产物	ribosomal protein S12%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT2G07675` (AT2G07675) Ribosomal protein S12/S23 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815348] identity=90.4; qcov=1; evalue=4.85e-79; confidence=high
Rice	`gene-rps12-2` (rps12) ribosomal protein S12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6450201] identity=87.9; qcov=0.992; evalue=1.63e-75; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0015935 (small ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00164 (Ribosom_S12_S23)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012347

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057796259.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057796259.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796259.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796259.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796259.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:38775154`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B91
`Chr2:38775194`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	40	A20,B10,B11,B110,B111,B117,B125,B129,B16,B19,B3,B33,B34,B35,B53,B57,B6,B66,B69,B74,B75,B79,C10,C27,C28,C36,C37,C39,C46,C51,C67,C7,C70,C71,C74,C77,C83,C86,D3,D4
`Chr2:38775213`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	B2,B57,B81,C48,C82,D10,D11
`Chr2:38775267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B98,C48,C78,C87
`Chr2:38775284`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B122,C48,D10
`Chr2:38775284`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B122,C48,D10
`Chr2:38775294`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B122,B125,D9
`Chr2:38775294`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B122,B125,D9
`Chr2:38775310`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B45,C85
`Chr2:38775352`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr2:38775374`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B136,B23,C27,C29,D4
`Chr2:38775402`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796259.1

125 aa

125

Ribosom_S12_S23

PF00164 Ribosom_S12_S23 18-123 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796259.1`	Pfam	`PF00164`	Ribosom_S12_S23	Domain	18	123	2.4e-34	118.1	Ribosomal protein S12/S23

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940276.1
CCTTTGGATCTTGGTCCATGATGGCCTTTTTATTGATTTTGACGATTGGATCTCTCTATGAATGGAAAAGGGGTGCTTCGGATCGGGAGTAACCACTAGTGATAGGGCAAAAATAGGGGGGAAGGACAAAGGAAAGAGCGATGCCTACATTAAATCAATTGATTCGTCATGGTAGAGAAGAAAAACGGCGCACGGACCGTACTCGAGCTTTGGATCAATGTCCCCAGAAGGAAGGAGTATGCCCGCGTGTTTCAACGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012347
ATGCCTACATTAAATCAATTGATTCGTCATGGTAGAGAAGAAAAACGGCGCACGGACCGTACTCGAGCTTTGGATCAATGTCCCCAGAAGGAAGGAGTATGCCCGCGTGTTTCAACGAGAACACCGAAAAAACCGAATTCAGCTCTACGTAAGATAGCCAAAGTACAGTTGAGCAATAAACCTGATATATTTGCTCACATTCCAGGCGAAGGTCATAATTCGCAGGAACATTCTAAGGTCTTAATAAGAGGAGGTAGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796259.1
MPTLNQLIRHGREEKRRTDRTRALDQCPQKEGVCPRVSTRTPKKPNSALRKIAKVQLSNKPDIFAHIPGEGHNSQEHSKVLIRGGRVKDLPGVKSHCIRGVRDLLGIPDRRRGRSKYGAEKPKSI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器