Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002169`

染色体: Chr02 坐标: 38911880-38912850 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002169`
名称	SmilChr02G002169
描述	PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 5-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	38911880 - 38912850 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012358`
GeneID	`131012358`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012358`
原始查询	`SmilChr02G002169`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 5-like
产物	PLASMODESMATA CALLOSE-BINDING PROTEIN 5-like
Arabidopsis	`AT3G58100` (PDCB5) plasmodesmata callose-binding protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824979] identity=52.3; qcov=0.888; evalue=2.72e-49; confidence=medium
Rice	`Os06g0537700` - identity=52.5; qcov=0.841; evalue=3.76e-38; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07983 (X8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012358

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057796267.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057796267.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796267.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796267.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796267.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:38912111`	`T`	`TCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	25	A11,A18,B10,B102,B105,B119,B120,B123,B133,B134,B25,B27,B34,B4,B70,B78,C21,C3,C35,C38,C39,C63,C82,C9,D8
`Chr2:38912135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B91,C58
`Chr2:38912151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B114,B115,B126,B70
`Chr2:38912277`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B115,B94,C38,C45,C49
`Chr2:38912277`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B115,B94,C38,C45,C49
`Chr2:38912479`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B81,C85
`Chr2:38912541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,B37
`Chr2:38912554`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A7
`Chr2:38912554`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr2:38912610`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B31,B50,C86
`Chr2:38912660`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796267.1

170 aa

170

PF07983 X8 33-104 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796267.1`	Pfam	`PF07983`	X8	Domain	33	104	2.8e-20	73.5	X8 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940284.1
ACTTCTGTTACCGTCTGCTCACTTCTCCATGAATCCCAACGGTCTATTTTCCAGCGCTTATAAAAATAATCGTGAAATTATGCCTCTCTACAGGTTGCTTCAATTCTCTCTCTTCAGCAGTCAGCACTCCCACTCTCACTAAATGGCACCGCGAATCTCCTCTCAGTTACTCTTTCTCTTCTCCATCTCCCTCGACGCAGCATTAGCCGCGGGCGGCGGAGAAGCGGCGGCGAGGGAGCTGTGGTGCGTGGCGAAGAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012358
ATGGCACCGCGAATCTCCTCTCAGTTACTCTTTCTCTTCTCCATCTCCCTCGACGCAGCATTAGCCGCGGGCGGCGGAGAAGCGGCGGCGAGGGAGCTGTGGTGCGTGGCGAAGAACAACGCGGAGGACGCAGCCTTGCAGTCCGCCCTCGACTGGGCGTGTGGGCCCGGCGGGGCGGACTGCGGACCCATCCAAAATGGTGGGCCCTGCTACGACGCGTCCGACGTGGCTCGGACGGCGTCGTACGCCTTCAATGACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796267.1
MAPRISSQLLFLFSISLDAALAAGGGEAAARELWCVAKNNAEDAALQSALDWACGPGGADCGPIQNGGPCYDASDVARTASYAFNDYYVKNRNSDDSCSFSNTAAVTDLNPSHGNCKFHSSSGASNGNLSGGGAGIAGADTSDLSSSNSIVGWDGGSILILFFVIVRLFV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器