Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002189`

染色体: Chr02 坐标: 39083388-39087574 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002189`
名称	SmilChr02G002189
描述	coniferyl alcohol acyltransferase-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	39083388 - 39087574 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012374`
GeneID	`131012374`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012374`
原始查询	`SmilChr02G002189`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	coniferyl alcohol acyltransferase-like
产物	coniferyl alcohol acyltransferase-like
Arabidopsis	`AT1G78990` (AT1G78990) HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844239] identity=55.3; qcov=1.01; evalue=5.92e-163; confidence=high
Rice	`Os04g0609300` - identity=45.8; qcov=1.01; evalue=6.63e-104; confidence=high
GO	GO:0016747 (acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups)
KEGG	-
Pfam	PF02458 (Transferase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012374

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057796286.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057796286.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057796286.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796286.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796286.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:39083619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr2:39083628`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B108,C12,C23,C57
`Chr2:39083726`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	29	A14,A24,B100,B103,B13,B132,B135,B16,B17,B19,B3,B68,B7,B78,B90,B92,B93,C1,C15,C28,C34,C43,C56,C58,C59,C7,C70,C71,D6
`Chr2:39083800`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:39083825`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr2:39083956`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr2:39086508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C28,C70
`Chr2:39086561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A3
`Chr2:39086589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C43
`Chr2:39086625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr2:39086635`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B71
`Chr2:39086803`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796286.1

459 aa

230

459

Transferase

PF02458 Transferase 8-445 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796286.1`	Pfam	`PF02458`	Transferase	Family	8	445	1.4e-103	347.6	Transferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940303.1
AGAAGAGAGGAGTGATGATCACTCTGTGCCAGAGATATTCGCCTAGCATTTGAGCTCCTTGGCTTGGCGTTATAAATAGATGTCAAATCTACCATCTTAGCACACCACAAAATCAACTCCTCTTCTTTGCAAATTGCAAACCTACTCTCTCTCTCAAAAAGTGAAAAGAGAAAAAGATGTGCTTGACAAGAGATTTTGAGGTGAAGGTGTGCAAAAGTGAGGTGGTGGCGGCGGCGCTGCCAATGCAGGAGCACTGGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012374
ATGTGCTTGACAAGAGATTTTGAGGTGAAGGTGTGCAAAAGTGAGGTGGTGGCGGCGGCGCTGCCAATGCAGGAGCACTGGCTGCCGCTGTCCAACCTGGACCTGCTCTTGCCGCCGGTCGACTTCGGCGTCTTCTTCTGCTACCTTCACAAGGAAACGGAACAGCCTTTTGCGCAGATAGTTGGCGCGCTGAAGAAGGCTTTGGCGCAAACTTTGGTTTCCTATTACGCATTCGCCGGCGTGCTGGTCAGGAACGGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796286.1
MCLTRDFEVKVCKSEVVAAALPMQEHWLPLSNLDLLLPPVDFGVFFCYLHKETEQPFAQIVGALKKALAQTLVSYYAFAGVLVRNGAGEPELLCNNSGVDFVEAVSDAGLEDLNLYNPDDCVAGKLVPHKKRGVLAVQVTQLKRGGIVVACSVSHQVADAYSANMFLVSWAEMARSKQLSQPPSFRRSLLLPRRPGSYDASVDNMFVTMSTLPPPHEDDGEAAISRIYYIKADRIRELQEEANVGNSKDNRRTKLEAFSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器