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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002192`

染色体: Chr02 坐标: 39147686-39149943 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002192`
名称	SmilChr02G002192
描述	E3 ubiquitin-protein ligase CSU1
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	39147686 - 39149943 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012379`
GeneID	`131012379`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012379`
原始查询	`SmilChr02G002192`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase CSU1
产物	E3 ubiquitin-protein ligase CSU1
Arabidopsis	`AT1G61620` (AT1G61620) phosphoinositide binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842458] identity=76.6; qcov=1.01; evalue=1.22e-176; confidence=high
Rice	`Os03g0279900` - identity=75.9; qcov=0.997; evalue=2.95e-170; confidence=high
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04641 (Rtf2); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF15906 (zf-NOSIP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012379

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796289.1`
2	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057796289.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796289.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796289.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796289.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:39149135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr2:39149426`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr2:39149437`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B81,C36,C85
`Chr2:39149570`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B67,C42
`Chr2:39149755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796289.1

304 aa

152

304

zf-NOSIP

zf-RING_UBOX

Rtf2

zf-RING_UBOX

PF15906 zf-NOSIP 5-75 aa PF13445 zf-RING_UBOX 43-73 aa PF04641 Rtf2 187-268 aa PF13445 zf-RING_UBOX 214-242 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796289.1`	Pfam	`PF15906`	zf-NOSIP	Domain	5	75	9.9e-17	61.5	Zinc-finger of nitric oxide synthase-interacting protein
`XP_057796289.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	43	73	8.1e-10	39.3	RING-type zinc-finger
`XP_057796289.1`	Pfam	`PF04641`	Rtf2	Family	187	268	1.1e-08	35.5	Rtf2 RING-finger
`XP_057796289.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	214	242	8.1e-10	39.3	RING-type zinc-finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940306.1
CAAAACCAAGCCCAAAAACCATCTCTCCTCCACATTCTCTCCGTCTCACACACACACACACACAAAGACTCCCTCTTTCTTTCTCTTCCACCCGCCGCCTCCTTCTTCCGGCGAAGTCTCTGCCGCAAGCACCCTCTCTGCCCTCTCTCTCGTCGAAAAATCTCGGTCATCGCTTTGGATCAACAACTTAACCCAAATTCCAAAAATATTAGTCTCCTTCGATTCAATTATAGGGTTTCTTACCTCTGGGCTCCGACATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012379
ATGCCTCAGAGACACTCGAAGAACAACAACGATTTAGCATTCTTCACGTACGATGAGAAGCGGAAGCTAGGGTACGGCACGCAGAATGAGAGATTGGGAAGAGATTCCATCAAACCCTTCGACGCATGTTCTCTCTGCTTGAAGCCCTTTATTGAGCCCATGTCCTGCGCCAAAGGACATCTTTTCTGCAAGGAGTGCATTTTGGAGTGTCTTTTGGCACAGAAGAAAGATATTCATAGAAAGTCAGCCGCCCATTCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796289.1
MPQRHSKNNNDLAFFTYDEKRKLGYGTQNERLGRDSIKPFDACSLCLKPFIEPMSCAKGHLFCKECILECLLAQKKDIHRKSAAHSAQQKQEKEDEEEKLMLQKARELDAFDQQNHGAIPQYNDKNYNRDKNGFHGANSVKATSYEEEALRTMKAFWLPSATPEAPNKVQAPSADTKCPEGNEKLRLKTLFPVVFTEDTNEEKRSTSLDKTYICPSCKVTLTNTLSLVALSSCGHVFCKKCADKFIAVDKVCLACDKPCK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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