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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002194

染色体: Chr02 坐标: 39158517-39159026 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002194
名称SmilChr02G002194
描述uncharacterized SmilChr02G002194
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向39158517 - 39159026 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008426
GeneID131008426
locus_tag-
NCBI NameLOC131008426
原始查询SmilChr02G002194

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008426

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791290.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057791290.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791290.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791290.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791290.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:39158533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr2:39158553 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C1
Chr2:39158557 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 7 B115,B128,B20,B73,B98,C36,C57
Chr2:39158576 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 131 A11,A2,A21,A23,A25,A7,A8,A9,B10,B100,B103,B105,B106,B108,B11,B110,B114,B115,B117,B119,B122,B127,B128,B131,B132,B133,B135,B136,B137,B16,B17,B18,B2,B20,B24,B25,B28,B29,B34,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B46,B47,B50,B52,B53,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B65,B66,B68,B69,B71,B72,B73,B75,B79,B8,B80,B82,B83,B84,B89,B95,B96,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C18,C19,C2,C21,C23,C25,C29,C32,C33,C35,C36,C38,C4,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C52,C54,C56,C57,C60,C62,C64,C67,C68,C69,C70,C73,C74,C75,C78,C79,C8,C80,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D4,D9
Chr2:39158685 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C35
Chr2:39158685 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C35
Chr2:39158687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B20,B73,C36,C57
Chr2:39158715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr2:39158728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C36
Chr2:39158748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:39158753 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 29 A14,A3,B132,B135,B140,B16,B17,B3,B32,B37,B40,B6,B68,B90,B92,B93,C12,C15,C20,C28,C34,C41,C43,C56,C63,C70,C81,D11,D6
Chr2:39158756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,B82,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935307.1
ATGGTTTACGGCAAAAGGTGTCATTTGCCGGTAGAGCTGGAGCACAAGACATTTTGGGCAGTTAATAAGGTGAACTATGACTGGAATGAGGCAGGCCAAGCAAGGAAACTTGAGATGAACTATGACTGGAATGAGGCAGGCCAAGCAAGGAAACTTGAGATTCAAGAGTTGGAGGAAATCAAAAGAGAGGCGTATGACAATGCAGTTCTCTACAAAGAAAGAATGAAGAAGAGTCACGACGCCCTGATCATGAACAAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008426
ATGGTTTACGGCAAAAGGTGTCATTTGCCGGTAGAGCTGGAGCACAAGACATTTTGGGCAGTTAATAAGGTGAACTATGACTGGAATGAGGCAGGCCAAGCAAGGAAACTTGAGATGAACTATGACTGGAATGAGGCAGGCCAAGCAAGGAAACTTGAGATTCAAGAGTTGGAGGAAATCAAAAGAGAGGCGTATGACAATGCAGTTCTCTACAAAGAAAGAATGAAGAAGAGTCACGACGCCCTGATCATGAACAAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791290.1
MVYGKRCHLPVELEHKTFWAVNKVNYDWNEAGQARKLEMNYDWNEAGQARKLEIQELEEIKREAYDNAVLYKERMKKSHDALIMNKLFNYGQKVLLYQTRFKFASGKLSTKWIGPFEVQAQFPNGVVEVKNPKSGKVFKVNGQRLKAYYGHEPGIGEELDPSPDTNLSG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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