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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002195

染色体: Chr02 坐标: 39161798-39162751 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002195
名称SmilChr02G002195
描述uncharacterized SmilChr02G002195
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向39161798 - 39162751 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008427
GeneID131008427
locus_tag-
NCBI NameLOC131008427
原始查询SmilChr02G002195

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008427

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057791291.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057791291.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057791291.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791291.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791291.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:39161801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C69
Chr2:39161805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,C38,C53,C66,C82
Chr2:39161808 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 32 A20,A4,B10,B102,B105,B109,B12,B125,B18,B4,B41,B45,B48,B5,B55,B72,B77,B81,B98,B99,C11,C22,C27,C41,C55,C60,C61,C64,C76,C8,C86,D1
Chr2:39161833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C84
Chr2:39161836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr2:39161837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C84
Chr2:39161840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B30,B55
Chr2:39161850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B22,B96,D10
Chr2:39161860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,C68,C79
Chr2:39161875 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 6 A13,A3,B106,B31,C17,C20
Chr2:39161885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C67
Chr2:39161908 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 27 A18,A21,A24,A9,B1,B107,B120,B135,B20,B22,B28,B3,B33,B37,B41,B62,B75,B83,B94,C19,C25,C42,C5,C62,C77,C79,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935308.1
ATGGAGACAAGAGGAGGAATGCAGAATATCAATGCCCAATTGTCACATCTTGCCCAAGCAGTAGCTCGCCTGGAAAGCAAACAGGGGGAACTTCCTGCCCAAGTGGAGGTAAAGAAGGTAAATGCTGTGACACTCAGGAACGGTAAGGAATTACCCGAAGTGATTGGAAAGCAAACTGAGGAGGAACCAGAGGTTAGAGAGGAAGTTGGAATGGGGTCAGCAGATGAGGAAGAATTAGCTCAGGAAAGGGAAACCAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008427
ATGGAGACAAGAGGAGGAATGCAGAATATCAATGCCCAATTGTCACATCTTGCCCAAGCAGTAGCTCGCCTGGAAAGCAAACAGGGGGAACTTCCTGCCCAAGTGGAGGTAAAGAAGGTAAATGCTGTGACACTCAGGAACGGTAAGGAATTACCCGAAGTGATTGGAAAGCAAACTGAGGAGGAACCAGAGGTTAGAGAGGAAGTTGGAATGGGGTCAGCAGATGAGGAAGAATTAGCTCAGGAAAGGGAAACCAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791291.1
METRGGMQNINAQLSHLAQAVARLESKQGELPAQVEVKKVNAVTLRNGKELPEVIGKQTEEEPEVREEVGMGSADEEELAQERETKKKAAEKGKEKLRHVKPIIPFPGRMAREQEKEDLTELVKIFKKVEVKMSLLVPLRSMPRCAKFLKELCTRKVKYTDDAKFQVGESVSAVLQRDMPMKCGDPGMFYIPCVIGTMKVDKAMLDLGASINVMPLSMYQDLEIGPLKPTRVVIQPADRSNVYPEGILEDVLVKVEELIF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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