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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002217

染色体: Chr02 坐标: 39414972-39421699 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002217
名称SmilChr02G002217
描述lysine-specific demethylase JMJ28
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向39414972 - 39421699 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012394
GeneID131012394
locus_tag-
NCBI NameLOC131012394
原始查询SmilChr02G002217

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lysine-specific demethylase JMJ28
产物lysine-specific demethylase JMJ28
ArabidopsisAT4G21430 (B160)
protein B160 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827895]
identity=39.7; qcov=0.941; evalue=2.75e-153; confidence=medium
RiceOs03g0430400 (JMJ715)
-
identity=33.6; qcov=0.734; evalue=8.78e-96; confidence=low
GOGO:0000118 (histone deacetylase complex); GO:0000785 (chromatin); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0031490 (chromatin DNA binding); GO:0032454 (histone H3K9 demethylase activity); GO:0033169 (GO:0033169)
KEGG-
PfamPF02373 (JmjC); PF08879 (WRC); PF10497 (zf-4CXXC_R1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012394

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796326.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796326.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796326.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796326.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796326.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:39415346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr2:39415462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,B93,C15,C53
Chr2:39415573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr2:39415797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A13,B117,C27,C83
Chr2:39415841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr2:39416656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr2:39416869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr2:39416926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr2:39417891 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr2:39418774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:39418908 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B24
Chr2:39418908 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796326.1
992 aa
N
1
496
992
WRC
zf-4CXXC_R1
JmjC
C
PF08879 WRC 8-49 aa PF10497 zf-4CXXC_R1 211-275 aa PF02373 JmjC 839-937 aa
XP_057796327.1
991 aa
N
1
496
991
WRC
zf-4CXXC_R1
JmjC
C
PF08879 WRC 8-49 aa PF10497 zf-4CXXC_R1 211-275 aa PF02373 JmjC 839-937 aa
XP_057796328.1
991 aa
N
1
496
991
WRC
zf-4CXXC_R1
JmjC
C
PF08879 WRC 8-49 aa PF10497 zf-4CXXC_R1 211-275 aa PF02373 JmjC 839-937 aa
XP_057796329.1
954 aa
N
1
477
954
WRC
zf-4CXXC_R1
JmjC
C
PF08879 WRC 8-49 aa PF10497 zf-4CXXC_R1 211-275 aa PF02373 JmjC 839-925 aa
XP_057796330.1
881 aa
N
1
440
881
WRC
zf-4CXXC_R1
C
PF08879 WRC 8-49 aa PF10497 zf-4CXXC_R1 211-275 aa
XP_057796331.1
798 aa
N
1
399
798
WRC
zf-4CXXC_R1
C
PF08879 WRC 8-49 aa PF10497 zf-4CXXC_R1 211-275 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796326.1 Pfam PF08879 WRC Domain 8 49 5.7e-17 61.9 WRC
XP_057796326.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 211 275 4.3e-05 24.3 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057796326.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 839 937 9.5e-12 46.1 JmjC domain, hydroxylase
XP_057796327.1 Pfam PF08879 WRC Domain 8 49 5.7e-17 61.9 WRC
XP_057796327.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 211 275 4.3e-05 24.3 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057796327.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 839 937 9.4e-12 46.1 JmjC domain, hydroxylase
XP_057796328.1 Pfam PF08879 WRC Domain 8 49 5.7e-17 61.9 WRC
XP_057796328.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 211 275 4.3e-05 24.3 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057796328.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 839 937 9.4e-12 46.1 JmjC domain, hydroxylase
XP_057796329.1 Pfam PF08879 WRC Domain 8 49 5.6e-17 61.9 WRC
XP_057796329.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 211 275 4.1e-05 24.4 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057796329.1 Pfam PF02373 JmjC Domain 839 925 4.2e-09 37.6 JmjC domain, hydroxylase
XP_057796330.1 Pfam PF08879 WRC Domain 8 49 4.9e-17 62.1 WRC
XP_057796330.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 211 275 3.7e-05 24.5 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
XP_057796331.1 Pfam PF08879 WRC Domain 8 49 4.3e-17 62.2 WRC
XP_057796331.1 Pfam PF10497 zf-4CXXC_R1 Domain 211 275 3.2e-05 24.7 Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940346.1
ATCCCTGTTTGGAAAGGTCTGTTGCTGCGTGTAGGCATGCATTAATTCATTGAAATACTAGGCGTAGTTACACGTTTTTGTGTGTGTATAAATCTATAGATACAGTATGTGTATGTATATACATAAAATTGAGAGTGAGAGTAGTATTTAAAGTGGCAGTGTCATTATATTTTCCACCTGTGACTGAAGCGTCCGTTTAAGAGTGAAGGGCAAAATTTCCTATCTCTATTTTTCGTCTCTCAATAAAATTCTCGCCCTTC...
XM_057940343.1
ATCCCTGTTTGGAAAGGTCTGTTGCTGCGTGTAGGCATGCATTAATTCATTGAAATACTAGGCGTAGTTACACGTTTTTGTGTGTGTATAAATCTATAGATACAGTATGTGTATGTATATACATAAAATTGAGAGTGAGAGTAGTATTTAAAGTGGCAGTGTCATTATATTTTCCACCTGTGACTGAAGCGTCCGTTTAAGAGTGAAGGGCAAAATTTCCTATCTCTATTTTTCGTCTCTCAATAAAATTCTCGCCCTTC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131012394
ATGCGGGATAAGGATCCGCCGCCGGAGGAGTTCCGCTGCAAGCGGACGGACGGCCGTCAATGGCGGTGCAAGCGGCGGGCGATGGACGGGAAGACGCTCTGCGATATTCACTATCTGCAGGGGAAGCACCGCCAGCATAAGCAGAAGGTGCCGGAGTCGCTCAAGCTGGAGAGGAATGCGGGCAAGAAGAAGCAGGATAGTAACGGGGAATGCAGCCGTACTAGGGTTACGAAATTGGCCAAGAAGCCGGGGGTGGCGGC...
LOC131012394
ATGCGGGATAAGGATCCGCCGCCGGAGGAGTTCCGCTGCAAGCGGACGGACGGCCGTCAATGGCGGTGCAAGCGGCGGGCGATGGACGGGAAGACGCTCTGCGATATTCACTATCTGCAGGGGAAGCACCGCCAGCATAAGCAGAAGGTGCCGGAGTCGCTCAAGCTGGAGAGGAATGCGGGCAAGAAGAAGCAGGATAGTAACGGGGAATGCAGCCGTACTAGGGTTACGAAATTGGCCAAGAAGCCGGGGGTGGCGGC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057796326.1
MRDKDPPPEEFRCKRTDGRQWRCKRRAMDGKTLCDIHYLQGKHRQHKQKVPESLKLERNAGKKKQDSNGECSRTRVTKLAKKPGVAAEKKRRRGVSEALDEALKRMKLKRGDLHLELIRVFLQRQVEKKKERELKESSVADETRVLPCGVMAISQSHSSLQSIRENDGLDVKIGEDSNVNSLLQRHFRSKNIEPLPISTMQVLPLMGNVKTKKMKKCHWCRESKCRCLIKCLTCRKRFFCLECIKERYFEKQQVKAECPA...
XP_057796327.1
MRDKDPPPEEFRCKRTDGRQWRCKRRAMDGKTLCDIHYLQGKHRQHKQKVPESLKLERNAGKKKQDSNGECSRTRVTKLAKKPGVAAEKKRRRGVSEALDEALKRMKLKRGDLHLELIRVFLQRQVEKKKERELKESSVADETRVLPCGVMAISQSHSSLQSIRENDGLDVKIGEDSNVNSLLQRHFRSKNIEPLPISTMQVLPLMGNVKTKKMKKCHWCRESKCRCLIKCLTCRKRFFCLECIKERYFEKQQVKAECPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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