当前解析结果
SmilChr02G002218| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002218 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002218 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G002218 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 39421720 - 39425988 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012396 |
|---|---|
| GeneID | 131012396 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012396 |
| 原始查询 | SmilChr02G002218 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0660200; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os04g0660200; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G11390 (AT1G11390)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837681] identity=63.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0660200- identity=66.8; qcov=0.927; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03109 (ABC1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012396 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057796333.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.80000 | XP_057796333.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.80000 | XP_057796333.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057796333.1 |
| 5 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057796333.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:39423053 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr2:39423087 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,A13,B117,C27,C83 |
Chr2:39424587 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr2:39424847 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,A13,B117,C27,C83 |
Chr2:39424909 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr2:39424976 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr2:39424983 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr2:39425147 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B3,B93,C15,C53 |
Chr2:39425173 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr2:39425181 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796333.1PF03109
ABC1 252-518 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796333.1 |
Pfam | PF03109 |
ABC1 | Domain | 252 | 518 | 3.7e-49 | 167.8 | ABC1 atypical kinase-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。