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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002234

染色体: Chr02 坐标: 39677552-39681626 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002234
名称SmilChr02G002234
描述uncharacterized SmilChr02G002234
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向39677552 - 39681626 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012413
GeneID131012413
locus_tag-
NCBI NameLOC131012413
原始查询SmilChr02G002234

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Translation initiation factor eIF3 subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842921]; symbol=AT1G66070; hit=AT1G66070; species=arabidopsis; confidence=high
产物Translation initiation factor eIF3 subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842921]; symbol=AT1G66070; hit=AT1G66070; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G66070 (AT1G66070)
Translation initiation factor eIF3 subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842921]
identity=62.1; qcov=0.858; evalue=1.8e-66; confidence=high
RiceOs02g0122300 (BIP121)
-
identity=65.3; qcov=0.83; evalue=1.1e-62; confidence=high
GOGO:0003743 (translation initiation factor activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005852 (eukaryotic translation initiation factor 3 complex)
KEGG-
PfamPF08597 (eIF3_subunit)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012413

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057796346.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057796348.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057796347.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057796346.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796348.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:39678186 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C27,C44
Chr2:39678186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,C44
Chr2:39678917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:39678919 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B98
Chr2:39678919 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B98
Chr2:39678951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:39678957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C77
Chr2:39679006 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 28 A22,A5,B119,B128,B17,B24,B27,B38,B39,B40,B44,B58,B62,B65,B85,C11,C22,C25,C30,C31,C40,C67,C69,C73,C78,C80,C83,C87
Chr2:39679034 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 9 B139,B2,B30,B65,B7,B8,B81,C13,C76
Chr2:39679061 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 23 B131,B132,B16,B17,B26,B42,B43,B49,B68,B90,B92,C12,C20,C34,C5,C56,C65,C72,C81,D10,D3,D6,D9
Chr2:39679086 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C22
Chr2:39679086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796346.1
223 aa
N
1
112
223
eIF3_subunit
C
PF08597 eIF3_subunit 2-223 aa
XP_057796347.1
222 aa
N
1
111
222
eIF3_subunit
C
PF08597 eIF3_subunit 3-222 aa
XP_057796348.1
212 aa
N
1
106
212
eIF3_subunit
C
PF08597 eIF3_subunit 36-212 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796346.1 Pfam PF08597 eIF3_subunit Family 2 223 2.9e-55 188.5 Translation initiation factor eIF3 subunit
XP_057796347.1 Pfam PF08597 eIF3_subunit Family 3 222 3.5e-54 185.0 Translation initiation factor eIF3 subunit
XP_057796348.1 Pfam PF08597 eIF3_subunit Family 36 212 8.8e-43 147.6 Translation initiation factor eIF3 subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940364.1
TCGTATATAATACTGATACTACGCAGCCTACGCTTCCTCTTCCCCAAAATTAGATAACGAAAAAAACCCTAAAACATCAGATTTTCTGGGCTCACTCATTCTTGTTGGCAAGTTACCAGTGTTTCTGCTTAGATTTCATTAGGTTTTTTTTACCTTTTTCCTTTCGGTGCGAGTGTTTTATTTCCAAAATTCAACGGACTCTCTCTTTCTCCGTCAAAGTAACATGGCCAAAATTGAAGTCACTTCCAGGGTGAATTCTT...
XM_057940363.1
GTATATAATACTGATACTACGCAGCCTACGCTTCCTCTTCCCCAAAATTAGATAACGAAAAAAACCCTAAAACATCAGATTTTCTGGGCTCACTCATTCTTGTTGGCAAGTTACCAGTGTTTCTGCTTAGATTTCATTAGGTTTTTTTTACCTTTTTCCTTTCGGTGCGAGTGTTTTATTTCCAAAATTCAACGGACTCTCTCTTTCTCCGTCAAAGTAACATGGCCAAAATTGAAGTCACTTCCAGGGTGAATTCTTAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131012413
ATGGATGACTGGGAAGATGAACCTGTTCCAGTTGTTCTCAAGAAGGAAAAAGTGTTAAGTAATTGGGACGATGAAGATGTGGAAGATAATGATGTGAAAGATTCTTGGGAAGATGATGATGAACCTGCTCCAGCACCTAAAGTTGAGGCTCCGGCTCCTGAAAAGGCCCCCAAGAAGGCTGCAGCAAAACTAAGTGAAAAGAGAGGAAAGGCCGTTGAAGCTGCAAAGGAGGCACCTTTAGATCCAGTAGAAGAAAAACT...
LOC131012413
ATGGATGACTGGGATGAACCTGTTCCAGTTGTTCTCAAGAAGGAAAAAGTGTTAAGTAATTGGGACGATGAAGATGTGGAAGATAATGATGTGAAAGATTCTTGGGAAGATGATGATGAACCTGCTCCAGCACCTAAAGTTGAGGCTCCGGCTCCTGAAAAGGCCCCCAAGAAGGCTGCAGCAAAACTAAGTGAAAAGAGAGGAAAGGCCGTTGAAGCTGCAAAGGAGGCACCTTTAGATCCAGTAGAAGAAAAACTTCG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057796346.1
MDDWEDEPVPVVLKKEKVLSNWDDEDVEDNDVKDSWEDDDEPAPAPKVEAPAPEKAPKKAAAKLSEKRGKAVEAAKEAPLDPVEEKLRQQRLVEEADYKSTTELFAKKGDENTLDNFIPKTESDFGEYAELVSNKLRPYEKSFHYIGLLKAVMRLSLTSLKGADAKEVASSVTAIANEKIKAEKEANSGKKKTCGKKKQLHIGKTEDDVIVDTFDDYDDYDFM
XP_057796347.1
MDDWDEPVPVVLKKEKVLSNWDDEDVEDNDVKDSWEDDDEPAPAPKVEAPAPEKAPKKAAAKLSEKRGKAVEAAKEAPLDPVEEKLRQQRLVEEADYKSTTELFAKKGDENTLDNFIPKTESDFGEYAELVSNKLRPYEKSFHYIGLLKAVMRLSLTSLKGADAKEVASSVTAIANEKIKAEKEANSGKKKTCGKKKQLHIGKTEDDVIVDTFDDYDDYDFM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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