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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002249

染色体: Chr02 坐标: 39928253-39929648 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002249
名称SmilChr02G002249
描述uncharacterized SmilChr02G002249
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向39928253 - 39929648 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011196
GeneID131011196
locus_tag-
NCBI NameLOC131011196
原始查询SmilChr02G002249

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794974.1
2 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057794974.1
3 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057794974.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057794974.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794974.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:39929003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr2:39929023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B104,B98,C27,C74
Chr2:39929025 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 7 B126,B20,B22,B38,C14,C66,C67
Chr2:39929040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B33,C39,C63,D10
Chr2:39929061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,C16,C20,C36
Chr2:39929065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B38,C66,C70
Chr2:39929071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B101,C14
Chr2:39929094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B112,B74
Chr2:39929104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:39929115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B36
Chr2:39929129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C23
Chr2:39929140 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 C28,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938991.1
ATTGTATTTGATGAGTTTGAGATGCGACTCATAGAACACATTGGATTCGATACGGCTGTTGGAAGCCCTATTGCTATCGATAAGCTGTTGCATCATGTTCATTTGTTGGATCCCGAGCCCAAGTGGAAGAAGCGGAAGGCTGGCGATGGCGCGAGTACTAGTGCTCCCAAAAAGCAGCGGACGGCTGGCGATGGCGCGAGTACTAGTGCTCCCAAAAAGCATCGGAAGGCTCATGATGGCGCGAGTACTAGTACTCCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011196
ATGCGACTCATAGAACACATTGGATTCGATACGGCTGTTGGAAGCCCTATTGCTATCGATAAGCTGTTGCATCATGTTCATTTGTTGGATCCCGAGCCCAAGTGGAAGAAGCGGAAGGCTGGCGATGGCGCGAGTACTAGTGCTCCCAAAAAGCAGCGGACGGCTGGCGATGGCGCGAGTACTAGTGCTCCCAAAAAGCATCGGAAGGCTCATGATGGCGCGAGTACTAGTACTCCCAAAAAGAAGCAGACAGAAGTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794974.1
MRLIEHIGFDTAVGSPIAIDKLLHHVHLLDPEPKWKKRKAGDGASTSAPKKQRTAGDGASTSAPKKHRKAHDGASTSTPKKKQTEVGCEQPATEKRRRSSRLHKDEDAAPVHGQCCCESMKDIMLAQLSCLKLIQGSLVRLESKVVDGETMAKQNEELRAAFDEAFERVQKKIGKSVLLDSDNDADGVDDEGDRLEDEDAEVEDAIEHAGQQNEQEEGVMAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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