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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002256

染色体: Chr02 坐标: 39996146-40004715 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002256
名称SmilChr02G002256
描述wings apart-like protein 2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向39996146 - 40004715 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013382
GeneID131013382
locus_tag-
NCBI NameLOC131013382
原始查询SmilChr02G002256

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wings apart-like protein 2
产物wings apart-like protein 2
ArabidopsisAT1G11060 (AT1G11060)
WAPL (Wings apart-like protein regulation of heterochromatin) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837647]
identity=45.3; qcov=0.784; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0497000
-
identity=36.9; qcov=0.768; evalue=4.51e-121; confidence=medium
GOGO:0060623 (regulation of chromosome condensation); GO:0071922 (GO:0071922)
KEGG-
PfamPF07814 (WAPL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013382

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797430.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797430.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797430.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797430.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057797430.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:39996503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C65
Chr2:39996504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr2:39996510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C7,C71
Chr2:39996636 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 12 B12,B129,B22,B29,B3,B6,B66,B84,B86,B88,B98,C67
Chr2:39996640 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 12 B12,B129,B22,B29,B3,B6,B66,B84,B86,B88,B98,C67
Chr2:39997116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:39997497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B99
Chr2:39997536 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B74
Chr2:39997536 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B74
Chr2:39998706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B7,B81,D10
Chr2:39998712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B135,B91,D7
Chr2:39998907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797430.1
1050 aa
N
1
525
1050
WAPL
C
PF07814 WAPL 327-838 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797430.1 Pfam PF07814 WAPL Family 327 838 6.9e-45 154.2 Wings apart-like protein regulation of heterochromatin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941447.1
AAATAGAATGAGAAAATTGGATAAGTTAATGGAAGTGTACTACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGTTGCACGAATCAACTACTGAAAACCTCAATTGAATCAACCAAACGGCTCTGATGTCAACCCTATGCTTTCAAACTCTGCTAATTATCCTAATTTAGCCCTACCCGCAACCTACAATTTTCACCCAAATTCAACCTGCAAACCTCTTTTCATTACCTCCAATTGCTCTTATTCAATTCTGTATAGGAGTGTTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013382
ATGACCAGGAAATTCTCCGCGGCGAATAGCTCCAACGACGGTGTTTCCGATTCCTCGTCACGGGAATTGCGCCGGGATGTTTACGATTTTAGGTTTCCGGCGCTGGAATCTGGTCGCCGCCCCTGGTCTGATCCATGTAGTGTGAGTCCGTCTCAGGGGTCGAGGCGATTCTCGCTCTCAAGGACGACTGGGGATCGAGATGGTGGTTTTAGGAATTCGAAGAAAGTGAAGGTGATTGATGTCGATTCGGAGCCGTATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797430.1
MTRKFSAANSSNDGVSDSSSRELRRDVYDFRFPALESGRRPWSDPCSVSPSQGSRRFSLSRTTGDRDGGFRNSKKVKVIDVDSEPYGSCSTQGSQGIEVFDFSDEGFQNSKKLKKAEFDPFEYNSSEELEGIVVPPQRKGRESGFFDFSEDVDFQKSKKLKTADFDPFEYNSSDELEGIVVPPQRKGREIGVFDFSDVNFQKSKKLNKTDYDPYEYNSSEELEGTVALPQRKGMDIGVFDFSEDVDLWKSKKCKTVGSDT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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