Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002279`

染色体: Chr02 坐标: 40280312-40281169 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002279`
名称	SmilChr02G002279
描述	uncharacterized SmilChr02G002279
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	40280312 - 40281169 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008448`
GeneID	`131008448`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008448`
原始查询	`SmilChr02G002279`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os03g0439900` - identity=29.1; qcov=0.94; evalue=2.03e-27; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008448

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791309.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057791309.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057791309.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057791309.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791309.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:40280325`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,C7,C71,C8
`Chr2:40280358`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,B36,B41
`Chr2:40280413`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B137,B76,C48,C6,C62,C85,D8
`Chr2:40280453`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr2:40280468`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B104,B80
`Chr2:40280498`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,C7,C71
`Chr2:40280521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B71,C20,C30,D4
`Chr2:40280533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,C7,C71
`Chr2:40280538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr2:40280545`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,C7,C71
`Chr2:40280560`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr2:40280562`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935326.1
ATGAGAGCCCCACCCGATCAAAGAGATAGATCAAAATGGTGTGACTTCCATAGTGACCATGGTCATCGCACGGACGAATGCATCGCGCTCAGACTGGAAGTGGCAAACTTGTTGAAAAAAGGGCACCTCACCAATTACTTGACTGACAAAGGCAAGCAGACCCTGCAGCAGGCGAGGGATAGACAAGAGAAACACAGAGACGACAGCCCACCAGACCCGCCACATCATGAGAGAACTGTAAACGTGATATCCGGAGGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008448
ATGAGAGCCCCACCCGATCAAAGAGATAGATCAAAATGGTGTGACTTCCATAGTGACCATGGTCATCGCACGGACGAATGCATCGCGCTCAGACTGGAAGTGGCAAACTTGTTGAAAAAAGGGCACCTCACCAATTACTTGACTGACAAAGGCAAGCAGACCCTGCAGCAGGCGAGGGATAGACAAGAGAAACACAGAGACGACAGCCCACCAGACCCGCCACATCATGAGAGAACTGTAAACGTGATATCCGGAGGTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791309.1
MRAPPDQRDRSKWCDFHSDHGHRTDECIALRLEVANLLKKGHLTNYLTDKGKQTLQQARDRQEKHRDDSPPDPPHHERTVNVISGGSEVSGITHSAAKRHTRQARSSKSGVPPFGKTEPTDPTLTINFATSESDKLLHPHHDALVISIYIANCLTKRVLIDNGSSANILFCSAYKEMGLDESKLIKKAAVLVGFSGESTTTVGEIDLPVYAEEVNLPTKFLVVDAPSAYNVILGRPNIHGMEAVPSTYHQVIRFPTKWGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器