当前解析结果
SmilChr02G002281| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002281 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002281 |
| 描述 | probable hexosyltransferase MUCI70 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 40288991 - 40295052 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013395 |
|---|---|
| GeneID | 131013395 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013395 |
| 原始查询 | SmilChr02G002281 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable hexosyltransferase MUCI70 |
| 产物 | probable hexosyltransferase MUCI70 |
| Arabidopsis | AT1G28240 (AT1G28240)strawberry notch protein (DUF616) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839718] identity=64.4; qcov=0.877; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0304300- identity=52.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04765 (TOD1_MUCI70) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013395 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057797446.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057797446.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797446.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797446.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797446.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:40289257 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr2:40289286 |
TGG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C82 |
Chr2:40289286 |
TGG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr2:40289365 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr2:40289434 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A9,C7,C71 |
Chr2:40289454 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr2:40291212 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B106,B73,C31,C76 |
Chr2:40292581 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B109,B68 |
Chr2:40292749 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:40293127 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A14,A9,D1 |
Chr2:40293276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr2:40293419 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B109,B68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797446.1PF04765
TOD1_MUCI70 208-520 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797446.1 |
Pfam | PF04765 |
TOD1_MUCI70 | Domain | 208 | 520 | 2.6e-151 | 504.0 | TOD1/MUCI70, glycosyltransferase-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。