当前解析结果
SmilChr02G002291| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002291 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002291 |
| 描述 | heat stress transcription factor B-2a-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 40435376 - 40439292 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013411 |
|---|---|
| GeneID | 131013411 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013411 |
| 原始查询 | SmilChr02G002291 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heat stress transcription factor B-2a-like |
| 产物 | heat stress transcription factor B-2a-like |
| Arabidopsis | AT5G62020 (HSFB2A)heat shock transcription factor B2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836322] identity=34.3; qcov=1.16; evalue=1.12e-41; confidence=low |
| Rice | Os08g0546800 (HSFB2B)- identity=38.7; qcov=1.13; evalue=1.99e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00447 (HSF_DNA-bind) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013411 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057797468.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797468.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797468.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797468.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057797468.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:40435433 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B103,B12,B127,B23,B73 |
Chr2:40435501 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C10 |
Chr2:40435550 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr2:40435572 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C57 |
Chr2:40435621 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr2:40438801 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B55,B56,B96 |
Chr2:40438944 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B95,C14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797468.1PF00447
HSF_DNA-bind 20-108 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797468.1 |
Pfam | PF00447 |
HSF_DNA-bind | Domain | 20 | 108 | 4.2e-29 | 101.7 | HSF-type DNA-binding |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。