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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002294

染色体: Chr02 坐标: 40464633-40465469 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002294
名称SmilChr02G002294
描述uncharacterized SmilChr02G002294
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向40464633 - 40465469 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008451
GeneID131008451
locus_tag-
NCBI NameLOC131008451
原始查询SmilChr02G002294

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=29.6; qcov=0.874; evalue=1.35e-19; confidence=low
RiceOs06g0205337
-
identity=30.2; qcov=0.881; evalue=1.24e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008451

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057791311.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057791311.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057791311.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791311.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791311.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:40464637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B98
Chr2:40464644 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B131
Chr2:40464644 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B131
Chr2:40464645 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B98,C1,C4,C65,C8
Chr2:40464680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C30
Chr2:40464698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:40464736 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B40
Chr2:40464736 A AGT 2bp_insertion CDS_variant 1 B40
Chr2:40464737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:40464739 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 28 A18,A5,A7,A8,B10,B114,B128,B13,B24,B27,B38,B40,B44,B62,B69,B70,B8,B85,C11,C15,C31,C36,C52,C67,C69,C73,C80,C83
Chr2:40464740 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 16 A10,A25,B107,B109,B118,B128,B130,B136,B61,B81,B84,C15,C29,C47,C77,D4
Chr2:40464751 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B1,B100,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935328.1
ATGAGAAGATGTGAGTTGGAAGAAATCAGACTCCAAGCAAGATCGTTCACGTGGTATCAAGGGCAGTGTAAATCTAAATTAGACAGATTTTTTGTAAATGAGGAGTGGCTGTCTATTTGGACTCACACGAAGGCGAGAGGGCTTCAAAGGTCGGTTTCAGACCACTGCCCAATCCTTTTGGAAACAAAAAGGGTGGACTGGGGACCGAAACCATTTAGGTTCCTCAATGTTTGGACAACGCATCAGGACTTTGAAGCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008451
ATGAGAAGATGTGAGTTGGAAGAAATCAGACTCCAAGCAAGATCGTTCACGTGGTATCAAGGGCAGTGTAAATCTAAATTAGACAGATTTTTTGTAAATGAGGAGTGGCTGTCTATTTGGACTCACACGAAGGCGAGAGGGCTTCAAAGGTCGGTTTCAGACCACTGCCCAATCCTTTTGGAAACAAAAAGGGTGGACTGGGGACCGAAACCATTTAGGTTCCTCAATGTTTGGACAACGCATCAGGACTTTGAAGCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791311.1
MRRCELEEIRLQARSFTWYQGQCKSKLDRFFVNEEWLSIWTHTKARGLQRSVSDHCPILLETKRVDWGPKPFRFLNVWTTHQDFEAVVKNSWQRRGISGWSSFVFKEKIKRLKEDLKGWSRSGFGIVEENVSKLKEVISKWDSIDEVFGLDEEETILRSEAEANLHIQIQHRDSILAQRARNRWLKDGDLNSSLFHKAINGRRAKNEISGLNVDGVWIEEPVEVKRIVKEHFQAQFKTRHRACLRLPAVFVNRKISDSTR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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