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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002300

染色体: Chr02 坐标: 40589959-40596608 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002300
名称SmilChr02G002300
描述uncharacterized SmilChr02G002300
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向40589959 - 40596608 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013401
GeneID131013401
locus_tag-
NCBI NameLOC131013401
原始查询SmilChr02G002300

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lysine ketoglutarate reductase trans-splicing-like protein (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842417]; symbol=AT1G61240; hit=AT1G61240; species=arabidopsis; confidence=high
产物lysine ketoglutarate reductase trans-splicing-like protein (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842417]; symbol=AT1G61240; hit=AT1G61240; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G61240 (AT1G61240)
lysine ketoglutarate reductase trans-splicing-like protein (DUF707) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842417]
identity=63; qcov=0.968; evalue=5.61e-179; confidence=high
RiceOs06g0731900 (B1206D04.27-2)
-
identity=58.8; qcov=0.881; evalue=7.08e-153; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF05212 (DUF707)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013401

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057797458.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057797458.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797458.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797458.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797458.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:40590244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr2:40590262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:40592431 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A15
Chr2:40592431 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 A15
Chr2:40592808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr2:40593696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C30
Chr2:40593733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr2:40593774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B49,B80,C42
Chr2:40593776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B24,B72
Chr2:40594606 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797458.1
405 aa
N
1
202
405
DUF707
C
PF05212 DUF707 77-378 aa
XP_057797459.1
405 aa
N
1
202
405
DUF707
C
PF05212 DUF707 77-378 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797458.1 Pfam PF05212 DUF707 Family 77 378 5.3e-135 450.1 Protein of unknown function (DUF707)
XP_057797459.1 Pfam PF05212 DUF707 Family 77 378 5.3e-135 450.1 Protein of unknown function (DUF707)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941476.1
TGGGGTTGTTAATTAAATGAGAAAAGTTGGCGTATAAATTATGGTGAGAGTGCAATCCAACGAATTAAAGTGTTTATTTTTAATTTGAAGACTAATTTCGGCGCTTTGTACGTGGGTTCTTCCTCTTCCTTCCTCTTCTCCCTCTGTCAACTCCGCTCTCTCTCTCTCTCTAGCACGCAGACTAAACACGCGTTTCTGCATACGTATACATACACTTGTTTTTGTATCTATTACTTTTTTTCTCTCCGAATCTATCCATT...
XM_057941475.1
TGGGGTTGTTAATTAAATGAGAAAAGTTGGCGTATAAATTATGGTGAGAGTGCAATCCAACGAATTAAAGTGTTTATTTTTAATTTGAAGACTAATTTCGGCGCTTTGTACGTGGGTTCTTCCTCTTCCTTCCTCTTCTCCCTCTGTCAACTCCGCTCTCTCTCTCTCTCTAGCACGCAGACTAAACACGCGTTTCTGCATACGTATACATACACTTGTTTTTGTATCTATTACTTTTTTTCTCTCCGAATCTATCCATT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131013401
ATGAGAGGATCAACATCATGGAGGTGGCTAATCAAGAAAAGATATTACTTATTTGATGGGGGATTATGTGGGGCAAAGATGAATCAGCTGCCGTTTATGGGAGTTGTCTGTACAGTTATGTTATTCGTCATATACAGGACCACAAATTATCAGTACCAACAGACAGAGATGGATTCAAAATTGCAACCTTTCTACACATCAAAGGAGACACCAGTAGATACAACAAGATTGAATAGTCTACCTCGTGGTATCATTGAAGC...
LOC131013401
ATGAGAGGATCAACATCATGGAGGTGGCTAATCAAGAAAAGATATTACTTATTTGATGGGGGATTATGTGGGGCAAAGATGAATCAGCTGCCGTTTATGGGAGTTGTCTGTACAGTTATGTTATTCGTCATATACAGGACCACAAATTATCAGTACCAACAGACAGAGATGGATTCAAAATTGCAACCTTTCTACACATCAAAGGAGACACCAGTAGATACAACAAGATTGAATAGTCTACCTCGTGGTATCATTGAAGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057797458.1
MRGSTSWRWLIKKRYYLFDGGLCGAKMNQLPFMGVVCTVMLFVIYRTTNYQYQQTEMDSKLQPFYTSKETPVDTTRLNSLPRGIIEARSDLELKPLWATSSHNSQRSVREFNNLLAMPVGIKQKKNVCTIVEKFRPENFTIVLFHYDGNVDGWSDLEWSREAVHIVAHNQTKWWFAKRFLHPAVVSIYDYIFLWDEDLGVKNFHPGRYLQIVKSEGLEISQPALDPNSTGIHHRITIRNRMKIFHKRVYDVRGSTKCSDD...
XP_057797459.1
MRGSTSWRWLIKKRYYLFDGGLCGAKMNQLPFMGVVCTVMLFVIYRTTNYQYQQTEMDSKLQPFYTSKETPVDTTRLNSLPRGIIEARSDLELKPLWATSSHNSQRSVREFNNLLAMPVGIKQKKNVCTIVEKFRPENFTIVLFHYDGNVDGWSDLEWSREAVHIVAHNQTKWWFAKRFLHPAVVSIYDYIFLWDEDLGVKNFHPGRYLQIVKSEGLEISQPALDPNSTGIHHRITIRNRMKIFHKRVYDVRGSTKCSDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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