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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002317

染色体: Chr02 坐标: 40781827-40786616 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002317
名称SmilChr02G002317
描述serine/threonine/tyrosine-protein kinase HT1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向40781827 - 40786616 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013439
GeneID131013439
locus_tag-
NCBI NameLOC131013439
原始查询SmilChr02G002317

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine/tyrosine-protein kinase HT1
产物serine/threonine/tyrosine-protein kinase HT1
ArabidopsisAT5G58950 (AT5G58950)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836012]
identity=57.2; qcov=1.06; evalue=1.94e-173; confidence=high
RiceOs05g0519200
-
identity=48.6; qcov=0.943; evalue=1.87e-120; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013439

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797502.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057797505.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057797505.1
4 Ruffle Ruffle 0.20000 XP_057797502.1
5 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057797505.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:40783521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr2:40783676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr2:40783802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,B50,B72,C86
Chr2:40784436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B6,C63
Chr2:40785207 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B76,C62,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797502.1
495 aa
N
1
248
495
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 194-443 aa PF00069 Pkinase 200-441 aa
XP_057797503.1
495 aa
N
1
248
495
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 194-443 aa PF00069 Pkinase 200-441 aa
XP_057797504.1
495 aa
N
1
248
495
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 194-443 aa PF00069 Pkinase 200-441 aa
XP_057797505.1
404 aa
N
1
202
404
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 194-398 aa PF00069 Pkinase 200-392 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797502.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 194 443 4.9e-60 203.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797502.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 200 441 7.7e-53 180.3 Protein kinase domain
XP_057797503.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 194 443 4.9e-60 203.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797503.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 200 441 7.7e-53 180.3 Protein kinase domain
XP_057797504.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 194 443 4.9e-60 203.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797504.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 200 441 7.7e-53 180.3 Protein kinase domain
XP_057797505.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 194 398 1.5e-48 166.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057797505.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 200 392 1.3e-48 166.5 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097698.1
CAAGTATGTGAAAAAGGAGACTTTGATTCATGTGGCGTTGATATTGCATTTGTGTGTCAAATAATATTCTATATGGACCTCGAGCTTGGGAAAATCATCGTGTTTTTTTCGGACATGGGGTTTTTCATCCGAAGCACAATTTCCAGTTTTTCCTGAATTTCAAGAATAATCATATTTTTTTTGAGAGATATACCCTTTTGGCTTTGAAGGAAGGTGGAGTTTGACTTTAAAGCTGAAAGGGTTTTTGGTTCTGCTGTTTT...
XR_009097699.1
CAAGTATGTGAAAAAGGAGACTTTGATTCATGTGGCGTTGATATTGCATTTGTGTGTCAAATAATATTCTATATGGACCTCGAGCTTGGGAAAATCATCGTGTTTTTTTCGGACATGGGGTTTTTCATCCGAAGCACAATTTCCAGTTTTTCCTGAATTTCAAGAATAATCATATTTTTTTTGAGAGATATACCCTTTTGGCTTTGAAGGAAGGTGGAGTTTGACTTTAAAGCTGAAAGGGTTTTTGGTTCTGCTGTTTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131013439
ATGGATGAAGAAGCTAGTTCTTGGATTAGGAGAACAAAATTCTCTCATACTGTTTACAACCGTTTGGATACTTCCAGATTGACCTCTATTTCTGTTGCACCTCTGCCAACTCGAGTTTCGAGTCTCAAATCGAGACCCGAATCCACTTCTAGTCTGCTGAAAGCAGGGCCGAATGTTGTCCAAGTTCAGCAAAGCCTTGCCAAGAACAAGCATCGGGCTGTGTCTCCCAGCCCGGAAGTGAAGCTCTCCGACACCTTTGA...
LOC131013439
ATGGATGAAGAAGCTAGTTCTTGGATTAGGAGAACAAAATTCTCTCATACTGTTTACAACCGTTTGGATACTTCCAGATTGACCTCTATTTCTGTTGCACCTCTGCCAACTCGAGTTTCGAGTCTCAAATCGAGACCCGAATCCACTTCTAGTCTGCTGAAAGCAGGGCCGAATGTTGTCCAAGTTCAGCAAAGCCTTGCCAAGAACAAGCATCGGGCTGTGTCTCCCAGCCCGGAAGTGAAGCTCTCCGACACCTTTGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057797502.1
MDEEASSWIRRTKFSHTVYNRLDTSRLTSISVAPLPTRVSSLKSRPESTSSLLKAGPNVVQVQQSLAKNKHRAVSPSPEVKLSDTFEEARSIQRRFSTPHPRRKYQEKGIHGKLVPRDALEATRTPKNLGSKSPSNTSPLRHFASVKFHDKTKSHKESTWTKYFDHGAGRVTSVETADEHTVDLSKLFLGLRFAHGAHSQLYHGNYKDEAVAVKIIRVPDDDENGALRARLENQFSREVTLLARLHHPNVIKFVGACREA...
XP_057797503.1
MDEEASSWIRRTKFSHTVYNRLDTSRLTSISVAPLPTRVSSLKSRPESTSSLLKAGPNVVQVQQSLAKNKHRAVSPSPEVKLSDTFEEARSIQRRFSTPHPRRKYQEKGIHGKLVPRDALEATRTPKNLGSKSPSNTSPLRHFASVKFHDKTKSHKESTWTKYFDHGAGRVTSVETADEHTVDLSKLFLGLRFAHGAHSQLYHGNYKDEAVAVKIIRVPDDDENGALRARLENQFSREVTLLARLHHPNVIKFVGACREA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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